Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Экзамен

Экзамен включает две темы.

В прошлом году вопросы были такие.

Критерии оценки

Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.


Оценка за 3D выставляется при зачтенном отчете о валидации структуры (нужен текст) и всех практикумов 1 – 12, кроме 3 и, частично, 7.

Оценка равна среднему арифметическому трех оценок: за РСА, за журнальный клуб, за ответ на экзамене. Выставляется с точностью до десятых.


Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают дополнительно билет из коллоквиуима по РСА. В экзамен идет последняя оценка.

Часть II. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад, оппонирование и активность.

Часть III: Ответ на экзамене

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.

Каждый билет будет включать по вопросу из лекций и из журнального клуба.

Вопросы из лекций

  1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.
  2. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера
  3. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold. Меры качества выравнивания в алгоритмах PDBeFold и DALI.
  4. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (k,l)-разрезов.
  5. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
  6. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
  7. Поверхность макромолекулы.
  8. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.

Презентации лекций

К вопросам 5, 6 и 8 см. также презентацию P.E.Bourne.

На всякий случай выкладываю ещё прошлогоднюю презентацию "структурные единицы".

Вопросы из журнального клуба

Презентации и статьи см. на диске Р.

  1. FoldIt (что это такое, целевая функция, пример(-ы) использования в науке)

  2. Rosetta (что это такое, основная идея моделирования, успехи и применения)
  3. CASP (что это такое, цели, успехи; как измерять соответствие модели РСА структуре: RMSD и CAD-score)
  4. CryoEM (основы технологии, разрешение - отличие от РСА, пример расшифровки, сравнение с РСА: преимущества и недостатки)

  5. Белки без постоянной структуры (что это такое, распространение, особенности функционирования, ....)
  6. Эволюция укладок. Примеры. (циклические перестановки: как происходят, при каком условии на структуру возможны; возможно ли изменение укладки белка при небольшом числе точечных мутаций последовательности, ...)
  7. Гибкое выравнивание структур белков (что это такое, в чем преимущество по сравнению с "твердым" выравниванием, что учитывается в весовой функции, пример)
  8. Моделирование белков (моделирование de novo - возможно ли?, ... )

5 янв 2017

С Новым Годом!

Положил присланные презентации и статьи на диск P: /P/y13/term7/ForExam. В каждой директории в файле WhoElse указаны студенты, не приславшие свои презентации по данной теме.

  • ААл