Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Экзамен

Экзамен включает две темы.

• Алгоритмы – весенний семестр. Вопросы спрашивайте у А.А.Миронова

В прошлом году вопросы были такие.

• Биоинформатика 3D, см. ниже на этой странице.

Критерии оценки

Оценка равна округлению среднего арифметического за алгоритмы и за 3D.

Оценка за 3D выставляется при зачтенном отчете о валидации структуры (нужен текст) и всех практикумов 1 – 12, кроме 3 и, частично, 7.

Оценка равна среднему арифметическому трех оценок: за РСА, за журнальный клуб, за ответ на экзамене. Выставляется с точностью до десятых.

Часть I. РСА

Из 5 баллов. Засчитывается оценка за коллоквиум, см. в ведомости. Не имеющие оценки или желающие её улучшить на экзамене получают дополнительно билет из коллоквиуима по РСА. В экзамен идет последняя оценка.

Часть II. Журнальный клуб

Из 5 баллов. Засчитывается оценка из ведомости за доклад, оппонирование и активность.

Часть III: Ответ на экзамене

Из 5 баллов. Ответ на билет (см. ниже) плюс зачтенные умения и отчёт по оценке качества структуры. Если что-то не сдано, то получаете соответствующее задание на экзамене.

Каждый билет будет включать по вопросу из лекций и из журнального клуба.

Вопросы из лекций

1. Водородные связи и вторичная структура белков. Алгоритмы DSSP и Stride.
2. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера
3. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold. Меры качества выравнивания в алгоритмах PDBeFold и DALI.
4. Кластеры неполярных атомов. Гидрофобное ядро. Алгоритм Свинделлса. Алгоритм (k,l)-разрезов.
5. Домены, определения. Структурные домены, основные характеристики.
6. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE.
7. Поверхность макромолекулы.
8. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.

Презентации лекций

• Водородная связь и вторичная структура (вопрос 1)

• Пространственное выравнивание и совмещение (вопросы 2 и 3)

• Гидрофобные ядра (вопрос 4)

• Структурные домены (вопросы 5 и 6)

• Поверхность молекулы (вопрос 7)

• CATH и SCOP (вопрос 8)

К вопросам 5, 6 и 8 см. также презентацию P.E.Bourne.

На всякий случай выкладываю ещё прошлогоднюю презентацию "структурные единицы".

Вопросы из журнального клуба

Презентации и статьи см. на диске Р.

1. FoldIt (что это такое, целевая функция, пример(-ы) использования в науке)

2. Rosetta (что это такое, основная идея моделирования, успехи и применения)
3. CASP (что это такое, цели, успехи; как измерять соответствие модели РСА структуре: RMSD и CAD-score)

4. CryoEM (основы технологии, разрешение - отличие от РСА, пример расшифровки, сравнение с РСА: преимущества и недостатки)

5. Белки без постоянной структуры (что это такое, распространение, особенности функционирования, ....)
6. Эволюция укладок. Примеры. (циклические перестановки: как происходят, при каком условии на структуру возможны; возможно ли изменение укладки белка при небольшом числе точечных мутаций последовательности, ...)
7. Гибкое выравнивание структур белков (что это такое, в чем преимущество по сравнению с "твердым" выравниванием, что учитывается в весовой функции, пример)
8. Моделирование белков (моделирование de novo - возможно ли?, ... )