Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестр 7. Биоинформатика 3D структур

Расписание

Результаты (Только для студентов и преподавателей!)

Очередь на проверку

Состояние очереди


Экзамен


Новости

13 янв 2017

Ответ на вопрос, заданный на консультации: как определяется разрешение Cryo-EM модели?

По Zhou, 2008 и Saxton, 1982 (лежат на P:).

1. По различимости деталей, см. Fig.1 в Zhou, 2008. Если различимы альфа-спирали, то разрешение примерно, 20 ангстрем; если можно увидеть отдельные бета тяжи - то 8 ангстрем, если можно различить боковые цепи - то 4 ангстрема и т.п.

2. Fourier shell correlation (FSC): метод, предложенный Saxton, 1982, для микрофотографий с повторяющимися изображениями на микрофотографии, напр., фото кристаллов. Идея состоит вот в чем. Реконструируем модель по двум независимым наборам данных. Модели совместим. ЭП каждой из моделей разложим в ряд Фурье и сравним гармоники. Если коэффициенты ряда примерно совпадают у гармоник с разрешением >= d, а для более частых гармоник расходятся, то разрешение равно d. Ясно, что такой метод можно применить к отдельным областям моделей.

3. Многие Cryo-EM модели - расшифровки комплексов белков, для которых известны X-ray модели отдельных мономеров. Разрешение Cryo-EM модели можно вывести из сравнениям с X-ray моделью.

  • ААл

5 янв 2017

С Новым Годом!

Положил присланные презентации и статьи на диск P: ... ForExam. В каждой директории в файле WhoElse указаны студенты, не приславшие свои презентации по данной теме.

  • ААл

Пришлите презентации всех докладов и оппонирований (если были)! Они нужны вам же для подготовки к экзамену.

  • Название файла XXXXXXX-doc-YYYY.pdf или .pptx. XXXXXXX - фамилия латинскими буквами, YYYY - сокращение, указывающее на тему.
  • ААл

26 дек 2016

В связи со сбоями сервисов ProtOn и SheeP пункты заданий, для выполнения которых нужны эти программы, снимаются.

Не разобрался в чем дело, а автора программ нет.

Извините.

ААл

29 окт => 30 нояб
> Почему электронная плотность 
> максимальна в центре атома? Не могли 
> бы Вы вкратце напомнить?

На графике из Лунина показана зависимость плотности электронов rho(r) в точке (x,y,z) на расстоянии r от центра ядра. Плотность электронов на сфере радиуса r (т.е. предел при delta стремящемуся к нулю числа электоронов в сферическом слое (r, r + delta) деленному на объём шарового слоя)равна f(r) = r^2*rho(x,y,z) с точностью до константы. Очевидно, f(0) = 0, f(r) стремится к 0 при r стремящемся к бесконечности и f достигает максимума при каком-то r0. Это и есть радиус орбитали - расстояние на котором "чаще всего находится электрон" 
  
Соответствующие графики для протона см в курсе http://www.umich.edu/~chem461/ глава 7.

Приношу извинения за то, что ранее все было перепутано :( 

   ААл


Список заданий на семестр

Журнальный клуб

30 нояб, 2, 6, 8, 13, 15 дек

[правила] [расписание]


Блок 1. РСА

1. Лекция 1

5 октября 2016, В.Ю. Лунин

[презентация] (пока см. на диске P)

2. Семинар 1

7 октября 2015, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин

[вопросы]

[задание 1: изображение ЭП в pymol]

3. Лекция 2

12 октября 2016, В.Ю. Лунин

[презентация] См. на диске P

4. Семинар 2

14 октября 2016, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин

[вопросы]

[задание 2: реконструкция ЭП по данным РСА; одномерная модель]

[задание 5: восстановление кристалла в pymol]

5. Лекция 3

19 октября 2016, В.Ю. Лунин

[презентация] См. на диске P

6. Семинар 3

21 октября 2016, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин

[подготовка к коллоквиуму]

[задание 4: изучить файл структурных факторов]

7. Лекция 4: Validation

26 октября 2016, А.Алексеевский

[презентация]

[задание: отчёт по качеству расшифровки "своего" PDB файла]

[указания]

8. Лекция 5: Validation - окончание. Консультация по вопросам коллоквиума

[Validation-2]

[Вопросы для консультации]

[задание 6: интерпретация ЯМР структуры]

9. Коллоквиум по РСА

2 ноября (401 группа) и 9 ноября (402 группа)

[вопросы]

Блок 2. Анализ трехмерных структур

Лекции

Лекция P.E.Bourne про домены.