Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

Семестр 7. Биоинформатика 3D структур

Расписание

Результаты (Только для студентов и преподавателей!)

Очередь на проверку

Состояние очереди

Экзамен

Новости

13 янв 2017

Ответ на вопрос, заданный на консультации: как определяется разрешение Cryo-EM модели?

По Zhou, 2008 и Saxton, 1982 (лежат на P:).

1. По различимости деталей, см. Fig.1 в Zhou, 2008. Если различимы альфа-спирали, то разрешение примерно, 20 ангстрем; если можно увидеть отдельные бета тяжи - то 8 ангстрем, если можно различить боковые цепи - то 4 ангстрема и т.п.

2. Fourier shell correlation (FSC): метод, предложенный Saxton, 1982, для микрофотографий с повторяющимися изображениями на микрофотографии, напр., фото кристаллов. Идея состоит вот в чем. Реконструируем модель по двум независимым наборам данных. Модели совместим. ЭП каждой из моделей разложим в ряд Фурье и сравним гармоники. Если коэффициенты ряда примерно совпадают у гармоник с разрешением >= d, а для более частых гармоник расходятся, то разрешение равно d. Ясно, что такой метод можно применить к отдельным областям моделей.

3. Многие Cryo-EM модели - расшифровки комплексов белков, для которых известны X-ray модели отдельных мономеров. Разрешение Cryo-EM модели можно вывести из сравнениям с X-ray моделью.

ААл

5 янв 2017

С Новым Годом!

Положил присланные презентации и статьи на диск P: ... ForExam. В каждой директории в файле WhoElse указаны студенты, не приславшие свои презентации по данной теме.

ААл

Пришлите презентации всех докладов и оппонирований (если были)! Они нужны вам же для подготовки к экзамену.

Название файла XXXXXXX-doc-YYYY.pdf или .pptx. XXXXXXX - фамилия латинскими буквами, YYYY - сокращение, указывающее на тему.

ААл

26 дек 2016

В связи со сбоями сервисов ProtOn и SheeP пункты заданий, для выполнения которых нужны эти программы, снимаются.

Не разобрался в чем дело, а автора программ нет.

Извините.

ААл

29 окт => 30 нояб
> Почему электронная плотность 
> максимальна в центре атома? Не могли 
> бы Вы вкратце напомнить?

На графике из Лунина показана зависимость плотности электронов rho(r) в точке (x,y,z) на расстоянии r от центра ядра. Плотность электронов на сфере радиуса r (т.е. предел при delta стремящемуся к нулю числа электоронов в сферическом слое (r, r + delta) деленному на объём шарового слоя)равна f(r) = r^2*rho(x,y,z) с точностью до константы. Очевидно, f(0) = 0, f(r) стремится к 0 при r стремящемся к бесконечности и f достигает максимума при каком-то r0. Это и есть радиус орбитали - расстояние на котором "чаще всего находится электрон" 
  
Соответствующие графики для протона см в курсе http://www.umich.edu/~chem461/ глава 7.

Приношу извинения за то, что ранее все было перепутано :( 

   ААл

Список заданий на семестр