2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Восстановление кристалла из PDB файла
Технические подсказки см. здесь.
1. В структуре "своего" белка опишите взаимодействия с белками из соседних ячеек
В отчете приведите:
- кристаллографические характеристики из записи PDB (поле CRYST1): длины направляющих векторов кристалла, углы между ними, кристаллографическую группу и число молекул в ячейке;
изображение части кристалла — содержимого ячейки из PDB файла и ряда соседних ячеек; постарайтесь, чтобы была видна структура кристалла из белков, а не мелкие детали;
- число разных зон контакта между белками из соседних ячеек;
- для каждой зоны контакта ваше мнение о том, отражают ли контакты в кристалле природные взаимодействия этих белков при ди- или олигомеризации.
2. Объясните странное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса
- Выберите одну их структур: 3hdd ( белковая цепь "на краю" ДНК) или 1mnm (конец альфа-спирали, уходящий вдаль).
- Восстановите ячейки, соседние со "странностью".
- В отчете объясните странности, обоснуйте объяснение рисунком.
3. Приведите два примера PDB файлов, асимметрическая единицы которых не совпадает с биологической единицей
В отчете напишите в чем разница и приведите рис. содержимого асимметрических единиц и биологических единиц.
Можно воспользоваться advanced search в PDB по полям number of chains (asymm. unit) и number of chains (Biol. assembly) - они должны различаться.