Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Совмещение структур

1. Найдите структурных гомологов вашего белка и выберите 2-4 из них

Используйте поиск по сходству структур в PDBeFold (можно использовать и другой сервис, если хочется). Можно регулировать:

Выберите структуры разных белков с rmsd между 0.8 и 2.5, и длинной выравнивания более 50% от вашего белка. Разумеется,пороги не являются абсолютными.

2. Постройте совмещение структур вашего белка и его 2-4 структурных гомологов

Совместите пять структур и скачайте:

3. Постройте совмещение по заданному выравниванию

Используйте команду pair_fit в PyMol.

4.(ААл) Найдите пару белков, для которых гибкое структурное выравнивание включает существенно больше остатков, чем жесткое

Спрашивайте статьи или примеры из них у докладчиков по гибкому структурному выравниванию. Для каждого белка в PDB есть страница со списком структурных гомологов из программы jFATCAT. Для сравнения с жестким выравниванием можно запустить PDBeFold или другую программу жесткого совмещения.