2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Сравните 3 водородные связи в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА
Страница PDB со списками белков, 3D структура которых расшифрована несколькими методами, восстановлена в октябре 2016!!!
Выберите один из белков, для которого есть ЯМР и РСА структура.Вот ссылка на на страницу сайта PDB со списками структур, расшифрованными разными методами. Можно взять пример и из таблицы из статьи 2010 года.
- ЯМР структура должна иметь много моделей, скажем, не менее 10.
- Проверьте, что укладки структур ЯМР и РСА сходны; редкие случаи совсем разных структур из-за глобально неправильной расшифровки одним из методов или разной структуры белка в растворе и кристалле не берите.
- Выберите водородные связи для анализа в РСА:
- остовную в ядре белка, в альфа-спирали или бета-листе;
- водородную связь боковых цепей в ядре белка;
- водородную связь в петлях, выходящих на поверхность глобулы.
- Будем считать, что между донором протона и акцептором есть водородная связь, если расстояние между ними меньше 3,5 ангстрем. Условие на углы проверьте визуально: воображаемый водород должен быть на линии донор-акцептор или отклоняться от этой линии не более чем на 70 градусов.
- В отчете приведите:
- PDB коды, название белка, разрешение РСА, число моделей ЯМР;
- номера и типы остатков, между какими атомами водородная связь, каким элементам вторичной структуры принадлежат остатки, находятся ли они внутри глобулы или на ее поверхности;
- табличку расстояний между донорами и акцепторами с колонками:
- расстояние в РСА,
- в каком числе (и проценте) моделей ЯМР есть водородная связь,
- минимальное, максимальное и медианное значение расстояния в ЯМР;
- Ваши выводы и рисунок(-ки) подтверждающие выводы.
(*) ДОПОЛНИТЕЛЬНО можно
Сравнить ваши выводы с выводами в статье Sikic et al., 2010 (лежит на диске P: /P/y12/term7\Sikic_2010(NMRvsXray).pdf)
Совместить РСА структуру с моделями ЯМР с помощью сервиса PDBeFold (используйте Google). Краткая инструкция будет приведена в следующих заданиях. С помощью совмещения можно получить впечатление о том, какие части РСА расшифровки действительно стабильны в белке в растворе, а какие стабильны в кристалле — раз их удалось расшифровать методом РСА — но вероятно подвижны в растворе.