Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Задание 1: определение вторичной структуры

  1. Определите вторичную структуру одного из белков (своего, например; но: в белке должна быть хотя бы одна альфа-спираль и хотя бы один бета-лист) с помощью одной из программ: DSSP или Stride:

    • сохраните выдачу программы и поставьте на нее ссылку с веб-страницы
    • сравните границы 4 элементов вторичной структуры (лучше всего - двух тяжей и двух спиралей) по данным работы программы с границами, приведенными в заголовке PDB файла; (внимательно относитесь к тому, где какая нумерация используется!)
    • (*) найдите и опишите редкие элементы: мостики, пере- или недокрученные спирали, ...

Посказка: программы есть на kodomo, dssp называется mkdssp. Можно также найти сервисы в интернет.

  1. С помощью SheeP постройте карту одного из бета-листов в выбранной вами структуре белка и сопоставьте с изображением этого листа. (См. описание формата карт бета-листов тут )

    • SheeP: http://mouse.belozersky.msu.ru/sheep

    • Скопируйте картинку карты одного листа и изображение его же в структуре (SheeP умеет это изображение строить с помощью Jmol; в этом году Jmol уже нельзя запустить в Chrome - используйте FireFox). Обе поместите в отчет на веб-странице

    • Покажите соответствие одного столбца на карте и хребта в бета-листе.

    • Определите на карте бета-листа сторону, обращенную к гидрофобному ядру. (Остатки, расположенные с разных сторон листа, SheeP выделяет желтым и красным фоном соответственно.)

    • Для участка бета-листа (3 тяжа, 4-5 гребней) нарисуйте схему водородных связей. Карту постройте на основании данных программы stride (в качестве beta-sheets detector выберете Original STRIDE). Список водородных связей умеет выдавать консольная версия этой программы (разберитесь с параметрами!). На схеме укажите основные атомы и водородные связи между ними. Есть ли на выбранном участке нерегулярности (buldges)?