2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017(*) - дополнительное задание!
Для получения зачета темы выполнение дополнительных заданий не является обязательным
Дополнительные задания проверяются и оцениваются.
Вирус
Текстовое описание вируса должно содержать:
- английское название вируса;
- (*) перевод
- (*) (рус.) к какому классу относится вирус по типу носителя генома (ищите в файле!);
- (*) (рус.) информацию о хозяине (хозяевах)вируса
- (*) (рус.) особенностях его существования и взаимоотношениях с хозяином;
- английское название вируса;
Описание генома из записи банка Refseq
идентификатор выданной вам записи с геномом вируса(имеет вид NC_...);
- содержание записи, как правило: "последовательность полного генома вируса"; если в поле DEFINITION нет такого указания, то ищите объяснение;
- длину последовательности генома (с указанием единицы измерения - нуклеотиды или пары нуклеотидов, сокращенно п.н.);
Описание генов
- Задание будет сформулировано в практикуме 7.
Прокариотический организм (бактерия или архея)
Текстовое описание прокариотического организма должно содержать:
- полное латинское название (род, вид, штамм);
- принадлежность к домену (бактерия или архея);
- (*) (рус.) информацию о самой бактерии/археи: где живет, чем интересна и др.
Информация из записей банка Refseq
идентификатор(-ы)записи(-ей)в базе данных RefSeq на сайте NCBI, которые содержат информацию о полном геноме этого организма - файлы с расширением .gbk;
- содержание записи (-ей): полный геном хромосомы, или плазмиды, или мегаплазмиды; ДНК кольцевая или линейная
длину последовательности полного генома (если записей несколько – то отдельно для каждой и сумму, в парах нуклеотидов);
Информация о генах
- Задание будет сформулировано в практикуме 7.
Белок
Текстовое описание белка должно содержать:
русское и английское название белка (перевод поля /product)
ссылки на файлы с последовательностями белка и его гена в формате fasta
- ссылки на таблицу и рисунки (примерно такие: в таблице №.. приведены данные о ...)
Таблица - (см. ниже)
Таблица. Информация о белке <русское название белка в родительном падеже> из организма <латинское название организма> (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_XXXXXX)
Вид информации |
Квалификатор в записи генома |
Значение |
Локус гена в геноме |
/locus_tag |
... |
Имя гена |
/gene |
... |
Идентификатор гена в базе Gene |
/db_xref="GeneID ... |
... |
Начало гена в геноме |
— |
... |
Конец гена в геноме |
— |
... |
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) |
— |
... |
Длина гена (в парах нуклеотидов) |
— |
... |
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein |
/protein_id |
... |
Длина белка (в аминокислотных остатках) |
— |
... |
warning В процессе ...