Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

(*) - дополнительное задание!

Для получения зачета темы выполнение дополнительных заданий не является обязательным

Дополнительные задания проверяются и оцениваются.

Вирус

1. Текстовое описание вируса должно содержать:

   • английское название вируса;
     • (*) перевод
     • (*) (рус.) к какому классу относится вирус по типу носителя генома (ищите в файле!);
     • (*) (рус.) информацию о хозяине (хозяевах)вируса
     • (*) (рус.) особенностях его существования и взаимоотношениях с хозяином;

2. Описание генома из записи банка Refseq

   • идентификатор выданной вам записи с геномом вируса(имеет вид NC_...);

   • содержание записи, как правило: "последовательность полного генома вируса"; если в поле DEFINITION нет такого указания, то ищите объяснение;
   • длину последовательности генома (с указанием единицы измерения - нуклеотиды или пары нуклеотидов, сокращенно п.н.);

3. Описание генов

   • Задание будет сформулировано в практикуме 7.

Прокариотический организм (бактерия или архея)

4. Текстовое описание прокариотического организма должно содержать:

   • полное латинское название (род, вид, штамм);
   • принадлежность к домену (бактерия или архея);
   • (*) (рус.) информацию о самой бактерии/археи: где живет, чем интересна и др.

5. Информация из записей банка Refseq

   • идентификатор(-ы)записи(-ей)в базе данных RefSeq на сайте NCBI, которые содержат информацию о полном геноме этого организма - файлы с расширением .gbk;

   • содержание записи (-ей): полный геном хромосомы, или плазмиды, или мегаплазмиды; ДНК кольцевая или линейная

   • длину последовательности полного генома (если записей несколько – то отдельно для каждой и сумму, в парах нуклеотидов);

6. Информация о генах

   • Задание будет сформулировано в практикуме 7.

Белок

7. Текстовое описание белка должно содержать:

   • русское и английское название белка (перевод поля /product)

   • ссылки на файлы с последовательностями белка и его гена в формате fasta

   • ссылки на таблицу и рисунки (примерно такие: в таблице №.. приведены данные о ...)

8. Таблица - (см. ниже)

Таблица. Информация о белке <русское название белка в родительном падеже> из организма <латинское название организма> (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_XXXXXX)