Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестр 1

Результаты Только для студентов и преподавателей

Расписание

Записаться в очередь на проверку (для опоздавших и исправлений/доделок)

Новости

26 дек 2014 для любознательных: несколько замечаний по миниобзорам протеомов см. по ссылке из пр.15

30 дек. 2014 в 10:00 зачёт.

26 дек. 2014 зачёт.

19 дек. 2014 зачёт.

12 дек. 2014 в 17:20 - прошло 3-е занятие факультатива (тема занятия: вики-разметка). (В это же время было очередное переписывание контрольной по питону.)

10 дек. 2014 в 14:30 - прошло второе занятие факультатива (тема занятия: регулярные выражения в Python). (В это же время происходило переписывание контрольной по питону.)

5 дек. - последний день, когда практикум 7 принимается без штрафных санкций.

28 нояб. 2014. в 17:20 прошло первое занятие факультатива (тема занятия: классы)

20 нояб. 2014. В ведомости проставлен рейтинг за активность голосования за сайты. Участие в голосовании по-прежнему приветствуется и оценивается.

Блок 1: Файловая система. FAR. Геном как файл.

1. Что такое биоинформатика?

5 сентября

Д. Диброва, А. Алексеевский, С. Спирин, Б. Нагаев

[презентация]

2. Файловая система, Far Manager, знакомство с вирусным геномом

12 сентября

С. Спирин, А. Алексеевский

[задания] [подсказки]

3. Типы файлов, кодировки. Анализ файла с геномом.

19 сентября

С. Спирин, А. Алексеевский, Д. Диброва

[задания] [подсказки]

4. Работа с геномом бактерии

26 сентября

С. Спирин, А. Алексеевский, Д. Диброва

[задания] [подсказки]

минимум умений для зачёта по FAR (зачёт до 10 октября включительно)

таблица генетического кода

Блок 2: создание персональных HTML страниц

Результатом практикумов 5-6 должно быть оформление веб-страниц персонального учебного сайта в соответствии с заданием:

[ состав и оформление страниц ] [ содержание страниц ] [ оформление текста, рисунков, таблиц ]

[ Проверка сайта средствами Google ]

5. HTML: начало

3 октября

Б. Нагаев, А. Алексеевский, Д. Диброва, С. Спирин

[инструкции к пр.5 ] [советы БН] [учебник HTML и CSS] [пример файла стилей] [учебник (eng)]

[типичные ошибки]

6. HTML: дополнительные главы

10 октября

Б. Нагаев, А. Алексеевский

[ задания ] [ пояснения ] [ результаты автоматической проверки сайтов ] [ типичные ошибки ]

[ Презентация по CSS и спецсимволам ]

7. Геномы и геномные браузеры

17 октября

И.Русинов, А. Алексеевский

[презентация] [задания] [подсказки] [подсказка по геномному браузеру]

[результаты формальной проверки сайтов 19 октября + критерии оценок]

Блок 3: Программирование. Введение в Python

Информацию по Python можно получить из следующих источников:

[ типичные ошибки ]

8. Знакомство с Python, типы данных int, float, str

24 октября

Б.Нагаев, Д. Диброва, А. Алексеевский

[ задания ] [ конспекты прошлых лет (содержат немного больше материала, чем в лекции)]

3 ноября домашнее задание 8 было окончательно перепроверено. Критерии оценки:

Результаты проверки сложены в папку P:/y14/term1/block3/pr8-results/03nov. Ищите файлы, начинающиеся с вашей фамилии и логина. Если Вы считаете, что Вам незаслуженно занизили (или завысили) оценку, напишите письмо преподавателям.

Про тест 1.

9. Условия и циклы, списки

31 октября

Б.Нагаев, А. Алексеевский

задания

10. Словари, файлы и манипуляция со строками

7 ноября

Б.Нагаев, Д. Диброва, А. Алексеевский

[ задания ] [ памятка ]

11. Функции, модули, библиотеки

14 ноября

Б.Нагаев, Д. Диброва, А. Алексеевский

[ задания ] [ памятка ]

12. Разбор предыдущих заданий, кортежи

21 ноября

Б.Нагаев, Д. Диброва, А. Алексеевский

[ задания ]

Внимание: 28 ноября будет итоговая контрольная работа по блоку 3 (питон). Обязательно приходите!

Внимание: Задания one2three и three-and-one у многих были приняты по ошибке. Приносим извинения. БН

13. Контрольная работа

28 ноября

Б.Нагаев, А. Алексеевский

[ подготовка к контрольной ]

[ задания ]

Система тестирования используется для проведения контрольных работ. Во время теста нельзя использовать интерпретатор Python в каком-либо виде, но можно использовать конспекты и печатные учебники. Тесты можно переписывать дома несколько раз.

Система самопроверки домашних заданий поможет самостоятельно проверить домашнее задание до сдачи. Внимание! Эта форма не запоминает результатов. Не забудьте в срок разместить файл в правильном месте.

Система голосования за сайты. Доделывайте сайты и пишите письмо преподавателям, чтобы сайт проверили и добавили в систему голосования.

Рейтинг по вашим оценкам сайтов входит в баллы общего рейтинга! (Не в тысячах, а в единицах баллов :) ). Активность участия в голосовании за сайты также оценивается и дает баллы в рейтинг. ААл

13 (доп). Дополнительное занятие: Классы

28 ноября

Д. Диброва

Скрипты, написанные на занятии и разобранные:

[ Модуль с двумя классами ] [ Основной скрипт ] [ Файл с примером (три белка) ] [ Кошкоскрипт ]

Блок 4: Excel

14. Excel-1

5 декабря

А.Алексеевский, И.Русинов

[ презентация ] [ задания ] [ подсказки ]

15. Excel-2

12 декабря

А.Алексеевский, И.Русинов

[ презентация ] [ задания ] [ замечания по миниобзорам ]

Образцы оформления мини-обзора: [ Bioinformatics ] [ JBCB ]

Зачёт блока Excel

  1. Уметь распространять формулы, используя знак $ - Упражнение 1 пр.14
  2. Уметь использовать команду vlookup (ВПР) - Упражнение 2 пр.14
  3. Уметь правильно загружать в Excel сложные текстовые файлы - Задание 1 пр.14

  4. Уметь создавать сводные таблицы - Упражнение 3 ИЛИ Задание 1 пр.14

  5. Отчёт по протеому бактерии/археи в формате маленькой статьи Задание пр.15

Зачёт 19 дек.

  1. У кого нет зачёта по python беседуют с преподавателем и получают задания
  2. У кого нет зачёта по веб-сайту - показывают сайт преподавателю и исправляют недоделки, если они есть
  3. Кто не успел оформить отчёт по протеому - доделывают отчёт и, если надо, демонстрируют умения на примере выполненных упражнений/заданий пр.14
  4. У кого долги по блоку 1 - сдают доработки.