Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Практикум 2. Подсказки

В компьютерном классе Far Manager v3.0 уже установлен: <Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Far> -> <Far Manager 3>. На домашний компьютер Far Manager v3.0 можно скачать с официального сайта из раздела загрузить (выбираете последнюю стабильную сборку, на данный момент это Far Manager v3.0 build 4040 x86, msi).

Функцию NetBox использовать в компьютерном классе не имеет смысла. О том, как настроить ее на домашнем компьютере, написано ниже.


  1. Как настроить Far Manager:

    • Создание ярлыка.

      • Откройте "Мой компьютер": "Start"` -> `"My Computer".

      • Перейдите в директорию, куда установлен Far Manager: "Local Disk (D:)"` -> `"Base"` -> `"Far".

      • Найдите глазами файл "Far.exe" с синей иконкой; кликните по нему правой кнопкой мыши, выберите "Create Shortcut".

      • Появится диалоговое окно, в котором говорится, что невозможно создать ярлык в данной папке и предлагается сделать ярлык на рабочем столе. Согласитесь: кликните "Yes".

      • Закройте окно с папкой "Far". Сверните все окна, чтобы оказаться на рабочем столе.

      • Найдите глазами ярлык "Shortcut to Far.exe"; кликните по нему правой кнопкой мыши, выберите "Rename".

      • Оставьте только "Far", нажмите <Enter>.

    • Настройки окна Far. Внимание! Эти настройки сохраняются для конкретного ярлыка, с помощью которого запущено данное окно программы Far!

      • Запустите Far с помощью созданного ярлыка и переместите указатель мышки на верхнюю (синюю) полоску окна Far, щелкните правой кнопкой мыши; в появившемся меню выберите "Properties".

      • Для изменения размера окна перейдите на вкладку "Layout". Попробуйте сделать ширину окна равной 100 символам, а высоту – 55. Это сделает окно Far примерно в половину экрана. Следите за тем, чтобы "Screen Buffer Size" был равен "Window Size", иначе будет неудобно работать!

      • Для изменения шрифта (если хочется его заменить) перейдите на вкладку "Font".

      • Сохраните изменения! При сохранении выберите нужное, внимательно прочитав предлагаемые возможности!

    • После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!

    • Директории. <Alt+F1> и <Alt+F2> для выбора диска в левой или правой панели, соответственно. Далее -– по дереву директорий.

    • Панели. В окне Far: <F9> `->` "Left" (или "Right") и пробуйте. Запомните команду быстрого перехода к нужному виду.

    • Относительная ширина панелей. <Ctrl+Left>, <Ctrl+Up> или другие стрелки. Полезно при прочтении длинных имен файлов.

    • Быстрый переход в директорию.

      • Настройка: в активной панели -– нужная директория (и курсор). <левый_Ctrl+Shift+k>, где k – одна из клавиш цифр 1,2,...,9.

      • Переход: <правый_Ctrl+k>.

    • Сохранение настроек. <F9> `->` "Options" `->` "Save setup".

  2. Как создать директорию: <F7>. Подробности в инструкции по Far.

  3. Как скопировать файл:

    • В правой панели перейти в директорию, в которую хотим скопировать файл (<Alt>+<F2> для смены диска; стрелочки вниз и вверх, <Enter> для перехода по директориям, <Tab> для перевода курсора из левой панели в правую и наоборот)

    • В левой панели перейти в директорию, из которой хотим скопировать файл (<Alt>+<F1> для смены диска; стрелочки вниз и вверх, <Enter> для перехода по директориям). Установить курсор на файл, который хотим скопировать.

    • <F5>, затем <Enter>. Готово!

  4. Чтобы найти файл по названию, используйте <Alt+F7> (может понадобиться для поиска в директориях с большим количеством файлов и поддиректорий, например на диcке P).

  5. Как найти нужное место в файле:

    • Откройте для редактирования интересующий Вас файл в редакторе Far'а (<F4>)

    • Откройте диалоговое окно поиска (<F7>)

    • Введите искомую строку (в данном случае "ORIGIN" без кавычек)

    • Нажмите <Enter>

  6. Как создать текстовый файл: см. инструкцию к Far Manager

  7. Имя файла без расширения - это набор символов до последней точки (не включительно), если она есть. Если ее нет, то весь набор символов целиком (но в системе Windows таких файлов надо по возможности избегать!). Например, для файла P:/y13/term1/block1/pr2/files/HM777023_example.tmp.gbk:

    • Имя файла: HM777023_example.tmp.gbk

    • Имя файла без расширения: HM777023_example.tmp

    • Расширение файла: gbk

    • Полное имя файла (с путем): P:/y13/term1/block1/pr2/files/HM777023_example.tmp.gbk

  8. Формат fasta.

    1. Первая строка: ">sequence_name sequence description"

      • Знак ">" – признак начала информации о последовательности

      • "sequence_name" - идентификатор последовательности - все символы между ">" и первым пробелом

      • Символ пробела (может не быть, если нет описания последовательности)
      • "sequence description" – описание последовательности в свободной форме (его может и не быть)

    2. Следующие строки до конца файла или до строки, начинающейся с ">" – сама последовательность; символы конца строки, табуляции, пробелы и цифры игнорируются. Большие и маленькие буквы не различаются.

    3. Пример:

      • >y028_bacsu putative protein
        MTTCFPRTYYYR
        kRppppKLAAAA
        AAAPPT RRKKLL
        KKLA

  9. Как создать файл протокола:

    • Открыть программу для работы с данным типом файлов (в данном случае MS Word: <Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Microsoft Office> -> <Microsoft Office Word 2007>)

    • Нажать большую круглую кнопку в левом верхнем углу окна MS Word -> <Save As>

    • Выбрать заданную директорию, в которую будет сохранен файл (как правило, это рабочая директория текущего занятия).
    • Ввести будущее имя файла без расширения
    • Проверить формат сохраняемого файла: "Save as type"

    • Нажать <Save>. Теперь файл сохранен с нужным именем в заданной директории и в него можно вносить какую-либо информацию. Обязательно учитывайте требования к написанию протоколов!

  10. NetBox:

    • Чтобы настроить NetBox для Far на работы с сервером kodomo:

      • В Far <Alt+F2>, выберите "NetBox".

      • <Shift+F4> – откроется меню.

      • Впишите имя компьютера (Host name): kodomo.fbb.msu.ru.

      • Впишите ваше пользовательское имя (User name):
        • то самое, которое Вы используете для входа в свой профиль на компьютерах компьютерного класса и на сайте kodomo.
      • Пароль (Password) лучше не вписывать, а вводить каждый раз при подключении.

      • Нажмите "OK" и укажите имя для сохраняемой записи (например, <username>@kodomo, где <username> - пользовательское имя).

      • После этого опять <Alt+F2>, выберите NetBox, и, встав курсором на нужную строчку, нажать <Enter>

      • Далее – копирование как обычно в Far'е. При подключении через NetBox вы сразу попадаете в директорию, соответсвующую вашему диску H. Чтобы попасть на диск P, надо "до упора" идти вверх по дереву директорий (то есть идти к корню и переходить в родительскую директорию, пока она есть), а затем перейти в поддиректорию P.

* Чтобы настроить NetBox для работы с ftp-сервером: