Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

(*) - дополнительное задание!

Для получения зачета темы выполнение дополнительных заданий не является обязательным

Дополнительные задания проверяются и оцениваются.

Практикум 7. Задания

Результаты надо представить на соответствующих веб-страничках: про вирус; про бактерию.

Когда сайт будет готов и заполнен, напишите письмо преподавателям на адреса и . Готовые сайты примут участие в бале сайтов, за победителей которого будут голосовать студенты и все пользователи kodomo. Оченки будут учтены в рейтинге за блок. Постарайтесь, чтобы сайт было удобно и приятно читать.

1. Пользуясь геномным браузером, опишите расположение всех генов в геноме вашего вируса

Результат должен включать:

• Подзаголовок типа "Гены в геноме вируса". Не обязательно буквально так!

• Два рисунка с подписями:

  • Рис.1 - изображение полного генома вируса с генами (если выше на странице уже имеются рисунки, то номер рисунка должен быть соответствующим единой нумерации!)
  • Рис.2 - изображение области интереса (на ваш выбор) в масштабе, позволяющем увидеть последовательность нуклеиновой кислоты и аминокислотную последовательность белка. Областью интереса может быть:
    • перекрытие генов;
    • два гена - один внутри другого;
    • первые или последние кодоны в гене - если ничего интереснее не обнаружено;
• Обсуждение:
  • сколько генов
  • на одной ли цепи они закодированы (не забудьте в описании носителя генома указать одно- или двухцепочечная молекула нуклеиновой кислоты!)
  • особенности генома, которые вы заметили
  • вопросы, возникшие у вас

2. Опишите окружение гена вашего белка в геноме бактерии/археи

Результат должен включать:

• Подзаголовок
• Рис.1 - изображение вашего гена и нескольких соседних (подпись под рис. обязательна!)
• Описание положения вашего гена и его ближайших соседей с 3' и 5' концов:

  • направление каждого из генов +1 (на прямой цепи) или -1 (на обратной)

  • расстояние до соседей в парах нуклеотидов (п.н.)

  • рамку считывания соседей относительно вашего гена

Рамка считывания определяется так. Если гены на одной цепи, то рамка = остаток от деления числа r на три, где r = (номер 1го нукл 1го гена) - (номер 1го нукл 2го гена). Возможные значения +0, +1, +2, знак на арифметическая операция, а указание сонаправленности генов.

Если гены на разных цепях, то рамка = остаток от деления числа r на три со знаком минус, где r = (номер 1го нукл 1го гена) - (номер последнего нукл 2го гена). Возможные значения -0, -1, -2 (-0 не равен +0!)

• Обсуждение:
  • могут ли ген и оба его соседа входить в один оперон
  • как далеко от гена ближайший ген с 5' и 3' стороны на комплементарной цепи - в штуках генов
  • (**) есть ли что-то сходное в названиях гена и его соседей, могут ли они оказаться функционально связанными
  • (*) сколько соседних генов могли бы составить один оперон

3. Сравните размеры геномов вируса, бактерии/археи и млекопитающего

Результат: новая веб-страница с:

• таблицей (см. образец)

• обсуждением:
  • числа генов - сколько нужно генов для существования каждого организма;
  • длины геномов в попуга... ощибся: в геномах вирусов

  • (*) длины геномов, т.е. суммарной ДНК хромосом, в метрах. Указание. Расстояние между комплементарными парами оснований ДНК равно 3.4 ангстрема.