Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Порядок проведения

• Студент получает билет с одним вопросом из каждого раздела, всего 6 вопросов.
• Все задания выполняйте в локально установленной программе Jmol. Создавайте скрипты, чтобы случайно не потерять изображения с требуемым результатом.
• Отвечать на вопросы можно по одному или на все сразу.
• В зачёт входит демонстрация заданий пр.1-3 (по просьбе преп.)
• Зачет по аминокислотам (структурные формулы, доноры и акцепторы водородной связи в а.к. остатке, заряженные атомные группы, участие в дисульфидной связи, гидрофобные группы атомов в остатке) идет отдельной строкой. Зачет по КР-2 и КР-3 упростит сдачу.
• Дополнительные вопросы - по командам Jmol
• Критерии зачета блока - в стадии разработки)))

Вопросы

---1

1. Изобразите в Jmol водородные связи в альфа-спирали из вашей (или другой данной вам) структуры белка. Нарисуйте на бумаге паттерн (схему) водородных связей.
2. Изобразите в Jmol водородные связи между антипараллельными тяжами в структуре белка. Нарисуйте на бумаге паттерн (схему) водородных связей.
3. Изобразите в Jmol водородные связи между параллельными тяжами в структуре белка. Нарисуйте на бумаге паттерн (схему) водородных связей.

---2

1. Изобразите в Jmol указанный по номеру остаток и остовы (только остовы) двух соседних соседних остатков в проволочной модели. Напишите название остатка и одно- и трехбуквенный код его. И так - для трех - пяти указанных вам номеров.

---3

1. Найдите в структуре и изобразите водородные связи между положительно заряженным и отрицательно заряженным остатками (т.н. солевой мостик).
2. Найдите и изобразите водородные связи между данными вам типами остатков (например, серином и аспарагином). Укажите какой атом донор протона, какой - акцептор.
3. Найдите и изобразите водородные связи между OH-группами боковой цепи выбранного вами остатка и кислородами остова. Укажите какой атом донор протона, какой - акцептор.

---4

1. Рассчитайте среднее число аминокислотных остатков на виток альфа-спирали на примере указанной вам длинной альфа-спирали.
2. Рассчитайте средний шаг в указанной длинной альфа-спирали. Шаг = расстояние между соседними витками спирали.

3. Измерьте не менее пяти углов, образованных указанными вам тройками атомов (например N(i) – CA(i+1) – C(i+1) ) и сделайте выводы.

4. Найдите и изобразите S-S связи (ssbonds 40) в указанном pdb-файле. Для каждой S-S связи измерьте и запишите два валентных угла при связанных этой связью атомами.

---5

1. Выберите полярный остаток (остаток, способный образовывать водородную связь боковой цепью), погруженный в ядро белковой глобулы. Изобразите его в проволочной модели, продемонстрируйте, что он действительно, в глобуле, а не выходит на поверхность белка. Изобразите в проволочной модели все остатки (целиком остатки!), удаленные от выбранного на предельно возможное расстояние водородной связи. Изобразите все водородные связи в окрестности.
2. Выберите лиганд. Изобразите его в проволочной модели, продемонстрируйте его окрестность так, чтобы было видно: лиганд лежит в глубоком кармане внутри глобулы белка или только касается поверхности белковой молекулы. Изобразите в проволочной модели все остатки (целиком остатки!), взаимодействующие с лигандом. Изобразите все водородные связи в окрестности, включая водородные связи с лигандом (команды - как в задании про водородные связи белка с ДНК). Найдите и покажите возможные гиброфобные взаимодействия белка с лигандом.

---6

1. Укажите характерный размер генома бактерии (в п.н.)
2. Укажите примерный размер генома человека (в п.н.)
3. Укажите характерный размер генома вируса (в п.н.)
4. Укажите характерную длину белка бактерии (в а.к.о.)

(*) Задайте вопрос преподавателю

Хорошие вопросы оцениваются и идут в зачет!

• Вопрос должен касаться конкретной структуры
• Он может быть о любой особенности в изображении структуры; в самом pdb-файле; о чем угодно в связи с выбранной структурой (кроме того, что рассказывалось преподавателями на занятии)