[Показать меню]

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

---

Семестр 2

Зачет

Завтра (четверг, 28 мая) в 15:00 будет возможность пересдать последний коллоквиум. Ну, и, возможно, еще что-нибудь (если время будет).

Первая пересдача состоится в пятницу 29 мая в 10:00 и в 15:30.

---

Результаты Только для студентов и преподавателей

Расписание

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

Аминокислоты и их свойства

---

Новости

---

Блок 1: Пространственные структуры белков

Проверка блока по Jmol

Блок состоит из трех практикумов, которые должны быть сделаны за одну неделю после соответствующего занятия. Когда сделали практикум или внесли исправления - записывайтесь в очередь. Мы обещаем их оперативно проверять. За каждый практикум выставляется зачет или незачет (если есть серьезные недостатки).

На четвертом занятии будет коллоквиум, за который выставляется оценка, которая попадает в рейтинг. К коллоквиуму должны быть выполнены все практикумы. На коллоквиуме вам предложат открыть страницы с результатами практикумов и выполнить в Jmol какие-то действия. Будет проверяться умение пользоваться командами, описанными в подсказках и в презентации к первому заданию. Также мы проверим умение узнавать аминокислоты, знание одно- и трехбуквенных обозначений, физико-химических свойств.

1. Визуализация молекул

10 февр 2015

Е. Аксянов. А.В. Алексеевский

[задания] [подсказки-1] [подсказки-2] [презентация] [PDB-коды]

[ замечания и ответы на вопросы]

[миниКР_1: ответы и комментарии]

2. Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

17 февр 2015

Е. Аксянов. А.В. Алексеевский

[задания] [dna-protein complexes]

[миниКР_2: ответы]

3. Водородные связи. Подвижность белка

24 февр 2015

Е. Аксянов. А.В. Алексеевский

[задания]

4. Коллоквиум по Jmol

3 марта 2015

Е.Аксянов, А.Алексеевский и др.

[вопросы] [справочный материал]

---

2. Блок 2: Базы данных о белках

Обсуждаются четыре базы данных (БД):

• Uniprot - основная БД последовательностей белков;
• PDB - БД пространственных структур;
• Proteins и Refseq (белковая) в NCBI;
• Pubmed - БД публикаций в области наук о живом.

Предстоит выучить:

• какая информация о белке доступна в Uniprot (Proteins и Refseq белковая содержат ту же информацию о том же белке, но в отличающемся формате)
• насколько достоверна информация о белке в этих БД, бывают ли ошибки
• что содержится в БД Pubmed
• как найти информацию об интересующих вас белках в этих базах данных

Зачет блока ставится при зачете двух (или трех?) практикумов.

5. Базы последовательностей белков

10 марта

И.С.Русинов, Д.В.Диброва, А.В. Алексеевский

[подготовка к контрольной] [презентация] [задания] [подсказки]

[ типичные ошибки и замечания ]

6. Поиск в базах данных

17 марта

А.В. Алексеевский, И.С. Русинов

[задания] [подсказки]

[ типичные ошибки и замечания ]

---

7. linux

24 марта

А.В.Алексеевский [Б.Э.Нагаев]

[лекция] [задания] [подсказки] [справка по linux на kodomo]

[учебник по linux для начинающих (рус.)]

[учебник по linux для начинающих (рус.)] (если видна абракадабра, то кодировку кириллицы KOI8-R выставляйте вручную!)

Регулярные выражения для grep

Разбор контрольной

Блок 3: Выравнивания

[словарь терминов]

Если не удается установить JalView, используя дистрибутив с официального сайта, используйте этот.

8. Выравнивание и гомология

31 марта

Е.А. Аксянов, А.В.Алексеевский

[лекция] [задания] [подсказки]

9. Предсказание парных выравниваний

07 апреля

Е.А. Аксянов, А.В.Алексеевский

[лекция] [задания]

10. Linux, продолжение

14 апреля

Б. Э. Нагаев, А. В. Алексеевский

[лекция] [задания]

11. BLAST

21 апреля

Е. Аксянов, И. Русинов, А.В. Алексеевский

[лекция] [задания]

12. PSI-BLAST. Множественное выравнивание

28 апреля

Е. Аксянов, А.В. Алексеевский

[лекция] [задания]

13. Семейства белковых доменов

5 мая

Е. Аксянов, А.В. Алексеевский

[задания]

14. Коллоквиум по блоку 3

12 мая

[вопросы]

Отработки, пересдачи

15. Пересдачи практикумов, коллоквиумов, контрольных и пр.

19 мая

16. Получение зачета за семестр

26 мая 16:00