Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014
Методические указания
- Используйте google для поиска базы данных.
- Записи Uniprot изучать и демонстрировать ТОЛЬКО в текстовом формате!!! Кнопка Format на странице записи.
Документация по всем полям записи Uniprot: Uniprot => Help => Technical corner => UniProtKB flat file manual
- В описании должны присутствовать
- Даты создания 1й и последней версии, номера версий
- Комментарии об изменении содержания:
- Примеры не менее двух наиболее содержательных изменений в виде рисунка - вырезки из скриншота страницы Uniprot, демонстрирующей изменения. (Возможны др. варианты, напр., копирование текста). Эти изменения должны быть прокомментированы.
Неправильно: написать "Все изменения перечислены ниже" и ниже - перечисление 25 новых строк в последней версии
Правильно: написать "Добавлено 20 новых ссылок на другие базы данных"
Правильно: написать "В 5-и строках добавлены ссылки на достоверность источника информации в {}"
- Как сделать рисунок из того, что видно на экране, используя Paint (для тех, кто не владеет графическими редакторами).
Нажать кнопку PrintScreen на клавиатуре. При этом полное изображение экрана копируется в буфер.
- Открыть графический редактор Paint, он есть во всех Windows
- Вставить (Ctrl-V) скопированный экран в окно Paint
- Сохранить в формате .png
Вырезать нужный участок (кнопка - пунктирный прямоугольник), скопировать и вставить в новый файл (File => New)
- Таблица должна содержать столбцы
- Organism
- Protein names
- Protein existence
- Function
- Length
- Features
- PDB
- по желанию, другие столбцы
- Редактирование колонок: кнопка Columns, отметить галочками, перетащить мышкой в нужном порядке, Save. PDB ищите в разделе Databases: 3D satructures.
- Сохранение: Download, выберите формат.
Uniprot => Help и используйте поиск по нужным словам. Для каждого явления приводятся примеры записей. Выберите один и скопируйте из текстового формата записи нужные строчки.
- Не так-то просто сравнить записи из-за различия форматов! Необходимо
- привести один пример поля записи Uniprot, содержание которого отсутствует в Refseq
- один пример наоборот
- ссылки на обе записи, лежащие в подходящей поддиректории вашей public_html
- дополнительные комментарии приветствуются (и оцениваются)