Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Указания

Uniprot

• 1.Синтаксис языка запросов (англ.)

• Как найти код протеома?
  • Заходите в раздел Proteoms
  • Поиск по таксону или организму. Например, organism:"escherichia coli" или taxonomy:escherichia. Референсный геном отмечен в списке. Понятно ли, почему в одном случае поставлены кавычки, а в другом – нет?
  • Можно использовать * в тех местах, в которых вы не уверены в правильном написании слова. Например, organism:"es*her*hia coli"
• Как ограничить поиск одним протеомом?
  • надо к запросу добавить указание кода протеома. Например, name:"transcription factor" AND proteome:up000000625
  • Можно ли вместо указания кода протеома указать название организма?
    • Нет, потому что в Uniprot могут лежать несколько протеомов одного и того же вида и даже одного и того же штамма. Их трудно будет разделить.
• Как указать, что чего-то не должно быть?
  • Пример: name:"secretion system" NOT "type IV"
• Запрос к полю Features
  • Пример: annotation:(type:mod_res phosphothreonine) AND proteome:up000000431
    • выбираются записи, в которых в поле Features (FT) имеется ключ MOD_RES и описание этого ключа содержит слово Phosphothreonine

  • Страницу со списком ключей Features ищите по ссылкам из мануала

• Для упражнения 3 нужен ключ METAL и значение Iron.

Pubmed

1. Как указать поиск по авторам?
   • Пример Smith S[au] или Li[au] или Ivanov IA[au]
2. Как указать поиск по названию статьи?
   • Пример trans-splicing[ti]
3. Полный список полей приведен на странице help.
4. Можно ли использовать логические операторы?
   • Да, конечно.
5. Что такое PMID?
   • Идентификатор записи в Pubmed
6. Какие фильтры стоит применять при поиске публикаций по теме?
   • Во-первых, фильтр Review, так как обзоры часто понятнее статей на узкую тему
   • Во-вторых, фильтр Free text, означающий достут к полному тексту публикации. МГУ подписан на ряд журналов. Поэтому с IP адресов компьютеров МГУ доступны некоторые тексты, не помеченные Free.
   • Фильтры слева на странице
7. Как сохранить найденные статьи в формате Excel?

   • Send to (справа сверху) => File => Format: CSV (открывается Excel'ем)

8. Какие еще удобные возможности?
   • Clipboard - отправляйте туда статьи, отобранные за сессию
   • Collection - если зарегистрируетесь в Pubmed, то можете создать коллекции и хранить в них нужную литературу.
   • Разбирайтесь самостоятельно!

PDB

• Кнопка Advanced search позволяет создавать и выполнять запросы по многим полям PDB файлов. Временами ведет себя капризно, но результат бывает полезным. Например, можно отобрать структуры бактериальных рибосом в комплексе с тетрациклином.
• Для получения Excel файла с находками выберите Customizable в окошке Reports и отметьте поля, которые хотите видеть в таблице. Потом сохраните в формате Excel.

Про задание

• При составлении запроса имейте ввиду, что заданное вами ключевое слово может встретиться в названиях совсем не тех белков, которые вам нужны!
  • Например
    • запрос name:ribonuclease выдаст также белки ribonucleas inhibitor
    • запрос name:chaperone выдает также chaperone binding protein и chaperone regulator - совсем другие белки!
• Ваша задача - так составить запрос, чтобы получить требуемые белки, и только их!
  • При обнаружении лишних находок надо модифицировать запрос: использовать оператор NOT.
    • например, так: name:chaperone NOT name:binding