Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Замечания

1. (ААл) В директории public_html создайте поддиректорию для html страниц первого блока второго семестра. Например, term2/block1/.

   • Если вы будете все файлы для сайта складывать в одну директорию, то к шестому курсу в этой директории вы не сможете разобраться ни за что!!!

   • Ниже я предполагаю, что все три файла, нужные для в выполнения практикума 1, лежат в директории public_html/term2/block1/. Три файла это:

     1. Отредактированная копия jmol.html (далее - "my_jmol.html")

     2. Ваш PDB-файл с расширением .pdb (далее - "1myp.pdb")

     3. Ваш Jmol-скрипт (далее - "my.spt")
   1.(ААл) В файл "my_jmol.html" нужно изменить
   • имя pdb-файла на своё
   • имя скрипта на своё в двух местах
2. (ААл) В файл "my_jmol.html" можно добавлять свой текст или еще что-нибудь, сохранив тэги, вызывающие jmol applet и создающие кнопочки:

  <script type="text/javascript">    
    function jmMessage ( apName, Value )
    {
      var el = document.getElementById ( "jmConsole" );
      el.innerHTML = el.innerHTML + "<br>" + Value;
    }
  </script>
  ...
  <script type="text/javascript">
      jmolSetCallback ( "messageCallback", "jmMessage" );
      jmolApplet ([600, 600], "load 1myp.pdb" );
  </script>
  ...
  <input type=button value="Script" onClick="jmolScript ('script my.spt')">
  ...
  <input type=button value="Resume" onClick="jmolScript ('resume')">
  ...
  <a href="my.spt">Текст скрипта</a>
  ...
  <a id="jmConsole"><u>Сообщения скрипта:</u></a>  

Ответы на вопросы

1. "Мой скрипт не исполняется или показывает не то, что хотел (-а)"

(ААл) Проверьте строчку в файле my_jmol.html в вашей директории:

      <p>1. Запустить скрипт:
      <!-- Учтите, что в имени файла строчные и заглавные буквы различаются,
           например, task_01.spt и task_01.SPT - это разные файлы.
      -->
      <input type=button value="Script" onClick="jmolScript ('script my.spt')">

В этом примере при нажатии кнопки "Script" будет выполняться скрипт, лежащий в файле my.spt в той же директории, что my_jmol.html.

Типичные недочеты в скриптах и как их исправить

• (1) (ААл) Изображение одной альфа-спирали маленькое и не в центре окна.

Следует включить в скрипт команды "center selected" и "zoom 200" (200 значит в 2 раза больше, чем по умолчанию), чтобы получить адекватное изображение

• (2) (ААл) При повторном запуске скрипта остается масштаб последнего изображения предыдущего запуска.

Включите команду "reset" в начало скрипта

• (3) (ААл) Водородные связи изображены в модели cartoon; отрезочки между ленточками не демонстрируют между какими атомами - донором протона и акцептором - образуется водородная связь.

Выделите остов альфа-спирали (или тяжей бета-листов) и изобразите в проволочной модели. Если альфа-спираль от 10го до 17го остатков цепочки A, то команды могут быть такими:

   restrict none
   select 10-20:A and backbone
   wireframe 80
   hbond calculate
   hbond 30
   color hbond purple

(4) (ААл) В литературе о структурах молекул длины принято измерять в ангстремах, а не нанометрах