2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Ошибки и замечания
- По ЗАДАНИЮ.
- Требуется в отчёте привести запросы и поставить ссылки на таблицы с результатами поиска по Uniprot, PDB, Pubmed. Почему-то не все прочитали, что написано в задании.
- Предполагается, что поиск в PDB выполняется с помощью advanced search.
Референсный протеом Brucella abortus есть (упр.1)!
Если пользуетесь advanced search (что я не рекомендую! ААл), то можете получить не тот запрос, который имели ввиду, если выбираете объект поиска из выпадающего окна! Например, если при поиске Organism [OS] из выпадающего окна выбрали Brucella abortus [235], то запрос получится organusm:"brucella abortus [235]", и получите только протеомы с названием организма "brucella abortus" в точности (их несколько), другие штаммы brucella abortus не найдете
- При использовании поиска по таксономии, строго говоря, следует написать taxonomy:brucella. Дело в том, что в поле OC - organism classification, приводится спуск до рода, название вида не включается! В данном примере запрос taxonomy:"brucella abortus" ведет себя непредсказуемо: выдает протеомы всех штаммов, в которых к названию вида добавлены еще названия штамма. В итоге штамм Brucella abortus (который имеет индекс таксономии 235) не находится! Для объяснения этого глюка нужно писать разработчикам Uniprot ...