Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Поиск в базах данных

Для зачёта необходимо и достаточно создать html-страницу с результатами выполнения обязательного задания и записаться в очередь на проверку.

Настоятельно рекомендуется предварительно выполнить упражнения для себя и/или для получения небольших баллов - указаны в скобках.

Упражнения

Результат засчитывается если на htnl-странице есть номер, формулировка упражнения и правильный ответ

UniProt

1. (0.5) Определите код РЕФЕРЕНСНОГО протеома бактерии Brucella abortus (Ответ: код протеома)

2. (0.7) Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus (Ответ: число находок)

3. (1.0) Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein) (Ответ: число находок)

4. (1.0) Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus (ответ: число находок)

PubMed

5. (0.5) Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans" (Ответ: запрос; число находок; PMID статьи)

6. (0.7) Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа (Ответ: ссылка на Excel файл со списком статей)

PDB

7. (1.5) Получите список структур БАКТЕРИАЛЬНЫХ белков из систем секреции типа IV (type IV secretion system). (Ответ: запрос; Excel таблица со списком информации о структурах)

Обязательное задание

С помощью баз данных UniProt, RefSeq, PDB и Pubmed разберитесь в одной из предложенных тем, ответьте на вопросы и представьте указанные ниже данные и ваши выводы на странице своего сайта.

• Выбор темы - на ваше усмотрение.
• Страница должна содержать:
  • номер и название темы;

  • запросы к БД UniProt и число находок по каждому;

  • окончательный запрос и ссылку на таблицу Excel со списком находок и информацией о них;
  • запрос к PDB и ссылку на таблицу Excel со списком структур белков, относящихся к теме;

  • запрос к PubMed и ссылку на таблицу Excel со списком публикаций, относящихся к теме;

  • ответы на вопросы и выводы; там, где нужно не забудьте написать о функции и/или биологической роли белка!

См. также указания.

Тема 1. Белки, содержащие селеноцистеин

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу АННОТИРОВАННЫХ (reviewed, т.е. из Swissprot) записей.
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Taxonomic lineage (ALL), Length, Protein existence (другие - если захотите)

Вопросы:

• В каких царствах встречаются? Встречаются ли у вирусов? (по Swissprot)
• Как закодирован селеноцистеин в генах таких белков? (по Pubmed)
• Общее название таких белков
• Сколько структур в PDB?
• (*) Приведите пример заболевания, связанного с такими белками.

Тема 2. Белки, содержащие пирролизин

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу ВСЕХ записей Uniprot.
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Taxonomic lineage (ALL), Length, Protein existence, cross-reference PDB (другие - если захотите)

Вопросы:

• В каких царствах встречаются?
• Как закодирован пирролизин в генах таких белков? (по Pubmed)
• Примерно сколько белков известно? (по Uniprot; белки с одинаковыми или сходными названиями считать за один)
• Сколько структур в PDB? Каких белков?

Тема 3a. ДНК зависимые РНК полимеразы архей

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу записей Uniprot о субъединицах (т.е. белков) РНК полимераз из двух-трех протеомов архей.
  • Один протеом - протеом вашей археи из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)

Вопросы:

• Из каких субъединиц состоит архейная ДНК-зависимая РНК-полимераза?
• Сколько структур PDB содержат комплекс РНК-полимеразы и ДНК? Сколько разных белков?
• (*) Какая роль сигма-фактора? (Pubmed)

Тема 3b. ДНК зависимые РНК полимеразы бактерий

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу записей Uniprot о субъединицах (т.е. белков) РНК полимераз из двух-трех протеомов бактерий.
  • Один протеом - протеом вашей бактерии из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)

Вопросы:

• Из каких субъединиц состоит бактериальная ДНК-зависимая РНК-полимераза?
• Сколько структур PDB содержат комплекс РНК-полимеразы и ДНК?
• Из каких бактерий PDB структуры этих комплексов?
• (*) Какая роль сигма-фактора? (Pubmed)

Тема 4. ДНК метилтрансферазы млекопитающих

Описание. ДНК метилтрансфераза - фермент, переносящий метильную группу с кофактора (лиганда) на определенный атом определенного основания ДНК. При этом метилируемое основание должно быть в сайте ДНК с определенной последовательностью. Метилирование ДНК человека и других эукариот игрант важную роль ... Найдите, прочитайте и напишите об этом!

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу записей Uniprot о ДНК метилтрансферазах человека.
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)

Вопросы:

• Какие азотистые основания метилируют?
• Какие кофакторы нужны для активности?
• Сколько структур ДНК метилтрансфераз млекопитающих? Каких ДНК метилтрансфераз?
• (*) В чем биологическая роль метилирования ДНК?

Тема 5a. Рибосомальные белки архей

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу записей Uniprot о белках, входящих в состав рибосомы, в двух-трех протеомах архей.
  • Один протеом - протеом вашей археи из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)

Вопросы:

• Перечислите белки, входящие в состав рибосомы (достаточно коротких названий)
• Сравните со списком белков, входящих в структуру архейной рибосомы из PDB

Тема 5b. Рибосомальные белки бактерий

Уточнения действий:

• Сохраните таблицу записей Uniprot о рибосомальных белках - белках, входящих в состав рибосомы, из двух-трех протеомов бактерий.
  • Один протеом - протеом вашей бактерии из 1го семестра, другие - из референсных протеомов того же вида или того же рода
  • Должны быть столбцы: Entry ID, Status, Protein names, Gene names, Length, Protein existence (другие - если захотите)

Вопросы:

• Перечислите белки, входящие в состав рибосомы (достаточно коротких названий)
• Сравните со списком белков, входящих в структуру бактериальной рибосомы из PDB