Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Задания

ААл

Блок linux включает два занятия, но не подряд! У себя директорию для этого блока назовите linux. (см. задание 2)

Выучить и освоить к следующему занятию:

1. Вход на kodomo через putty

2. Команды:

   • pwd, ls (опции -l, -R, -1 и еще >=2), разбор строки выхода ls -l,  cd, mkdir, rmdir

   • echo, cp, mv, less (и more), cat, rm, wc и опции wc

   • chmod

   • grep

   • man, man -k

   • history, exit

3. Специальные обозначения директорий:

   • /, .., ., ~ 

4. Что такое абсолютный и относительный пути к файлу или директории
5. Операторы перенаправления потоков:

   • >, >>, 2>, 2>>, &>, &>>, |

6. Спецсимволы в масках имен файлов:

   • *, ?, экранирование спецсимвола (например, \* или так '*'), [0-9]

7. Удобности:

   • tab и tab tab

   • стрелки вверх и вниз
   • копирование с экрана и вставка

   • history

Задания

Проверяются файлы <фамилия>_pr7, <фамилия>_cds и <фамилия>.sh в директории ~/term2/linux/credits (~ - ваша домашняя директория, не перепутайте!)

1. Вызовите окно с командной строкой kodomo с помощью клиента (программы) Putty

В окне Putty проверьте, что выбран протокол ssh. Укажите в Host name адрес kodomo.fbb.msu.ru, в Saved session - kodomo. Cохраните Save Session на будущее. Open и входите в свой эккаунт на kodomo.

2. Создайте директории term2/linux/, term2/linux/pr7, term2/linux/credits; перейдите в term2/linux/pr7

Сначала осмотритесь. Команда pwd покажет вам в какой вы директории. Команда ls покажет список файлов и поддиректорий в этой директории.

Используйте команды mkdir и cd. Например, так.

• mkdir term2 (в текущей директории создается поддиректория term2)

• ls (чтобы проверить что получилось)

• cd term2 (перейти в term2; другими словами, сделать term2 текущей директорией; текущую директорию называют также рабочей)

• pwd (проверить, что получилось)

• mkdir linux и т.д.

• Варианты как создать директорию term2/linux/credits;

Вариант 1.

• cd .. (перейти в вышележащую директорию, т.е. linux)

• mkdir credits, проверить что получилось и вернуться в директорию pr7

Вариант 2.

• mkdir ../сredits (т.к. ".." - директория linux, то будет создана нужная/ директория)

• ls .. (прежде чем исполнять, угадайте какой будет ответ!)

Вариант 3. Указать абсолютный адрес

• pwd (получить на мониторе абсолютный адрес директории pr7)

• Скопировать нужную часть абсолютного адреса (без pr7). Для этого выделить мышкой, правая кнопка, Copy.

• Написать mkdir, пробел, вставка (правая кнопка, Paste), дописать сredits. Должна получиться такая строка:

  • mkdir /home/students/y14/<пользовательское имя>/term2/linux/credits

• Выполнить, проверить, что получилось.

Вариант 3a.

• Написать абсолютный адрес. Для того, чтобы не ошибиться, в linux есть удобная подсказка.

Пишите mkdir /h и нажмите клавишу Tab (табулятор), появится mkdir /home/; допишите s, нажмите Tab и появится текст; допишите y, нажмите Tab и ... ничего не произойдет; нажмите Tab еще раз и поймете в чем дело; и так далее.

Вариант 4.

• Написать адрес, начиная со своей домашней директории "~".

3. В директории pr7 создайте файл <фамилия>_pr7 и запишите в него две строки

1я строка: "Абсолютный путь к директории pr7"

Если русскими буквами не получается, то пишите на английском. Спросите преподавателя как настроить русскую кодировку в Putty

Используйте команду echo <строка>. Когда освоитесь с ней - перенаправьте ее выход в файл оператором ">": echo <строка> > <имя файла>

2я строка: сам путь.

Используйте оператор ">>" для дописывания в конец файла

Проверьте содержимое файла командой less <имя файла>. Выход "q". Проверьте, появилось ли приглашение командной строки bash - "....$ "

4. Скопируйте файл <фамилия>_pr7 в директорию credits

Команда cp <файл> <имя копии файла>. Надо правильно написать путь к файлу.

Проверьте, что получилось (команды ls и less).

Если получилось, то удалите файл <фамилия>_pr7 в директории pr7. Команда rm <фамилия>_pr7. Будьте внимательны: команды linux исполняются, не спрашивая пользователя точно ли он хочет выполнить именно эту команду.

5. Сохраните все строчки с квалификатором CDS из записи генома бактерии в формате .gbk

Файл .gbk должен быть в вашей директории ~/term1/block1/pr4/ Если его там нет, то найдите где он. Если файлов .gbk в директории несколько, то сохраните нужные строчки из всех.

Результат должен быть сохранен в файле <фамилия>_cds в директории credits.

Используйте команду grep. Напишите команду так, чтобы в ответе не оказались посторонние строчки со словом CDS! (например, цистеин, аспарагиновая кислота, серин из последовательности

6. Создайте bash скрипт с именем <фамилия>.sh, выполняющий упражнение 5

Скрипт должен:

• выдать сообщение о начале работы
• выдать название директории с файлами .gbk
• выдать список имен файлов .gbk (одно - если такой файл один)
• сохранить файл,требуемый в упражнении 5, в текущей директории (т.е. в той директории, в которой запущен скрипт)
• выдать сообщение о завершении работы
• ВНИМАНИЕ: скрипт должен быть написан так, чтобы он исполнялся при запуске в ЛЮБОЙ ДИРЕКТОРИИ kodomo!

7. Добавьте в файл <фамилия>_pr7 в директории credits список всех выполненных команд

Команда history выдает историю ваших команд на монитор. Если написать history 30, то будут выданы 30 последних команд. Используйте оператор ">>" для перенаправления выдачи в конец файла.

Для штатного выходы из linux выполните команду `exit`