2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Подсказки к практикуму 7
1. SEED
1. Поиск нужного гена в SEED
Вначале надо выбрать организм, которому принадлежит данный ген. Для этого нужно найти его в соответствующем поле (“If you need to pick a genome...”). Если нужного организма там нет, используйте вместо заданного гена гомолог в близкородственном геноме (в таком случае предоставьте в отчёте e-value и организм). К сожалению, SEED позволяет запускать BLAST только по одному геному, поэтому можно предварительно использовать BLAST на сайте NCBI, чтобы найти этот самый гомолог из близкородственного организма.
- Обращайте внимание не только на вид, но и на штамм!
- Когда организм выбран, запустите BLAST по заданному гену на этом геноме (нужное поле находится на той же странице).
2. Поиск консервативного геномного окружения
Ваша задача – найти гены, которые встречаются рядом с заданным даже у достаточно далёких организмов. Как получить оптимальную картинку:
Сначала запросите больше ортологов (“Number of regions”)
Среди них постарайтесь не оставлять много геномов с одинаковыми или похожими окрестностями ортологов данного гена (для этого отмечайте нужные геномы галочками и “update with selected”).
Если не находится достаточно ортологов, увеличьте “e-value cutoff” для выбранного CDS
В некоторых геномах могут не находиться некоторые гомологи из окружения; попробуйте увеличить “e-value cutoff for coloring CDS sets”, чтобы они также покрасились в соответствующий цвет.
Попробуйте увеличить область поиска (“Region size”), чтобы найти больше гомологов.
2. DOOR
1. Поиск оперона
Чтобы найти нужный оперон, на сайте DOOR зайдите на страницу организма, которому принадлежит заданный ген (вкладка “Organisms”). Если нужного организма нет, найдите близкородственный. Если в SEED вы использовали гомолог из другого организма, то в этом задании ищите оперон из него же (если этот организм есть в DOOR).
В открывшемся графическом окне в поле поиска введите название гена, так вы перейдете на нужную область генома.