Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Эволюция последовательностей

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

Блок 1: Молекулярная филогения

1. Что такое филогенетическое дерево

12 февраля 2016, С.Спирин, Д.Диброва, К.Сафина

[ задания ] [ презентация ]

2. Реконструкция филогении

19 февраля 2016, С.Спирин, Д.Диброва, К.Сафина

[ задания ] [ презентация ]

3. Укоренение и бутстрэп

26 февраля 2016, С.Спирин, К.Сафина

[ задания ] [ презентация ]

4. Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги.

4 марта 2016, С.Спирин, Д.Диброва, К.Сафина, А.Алексеевский, И.Русинов, А.Столярова

На этом занятии нужно будет представить результаты работы по практикумам 2 и 3.

[ задания ] на дом.

Блок 2: Функциональные классы белков

К контрольной 1 апреля (и к коллоквиуму) вы должны уметь узнавать по химической формуле следующие вещества и знать их полные названия (к коллоквиуму желательно знать, для чего они используются ферментами): АТФ, АДФ, АМФ, цАМФ, НАД/НАДН, НАДФ/НАДФН, ФАД, ФМН, хиноны/хинолы (класс соединений), КоА, биотин, тиаминдифосфат, гем (класс соединений).

Также нужно уметь узнавать:

  • обычные нуклеотиды (аденин, гуанин, тимин, урацил, цитозин);
  • аминокислоты (20 канонических);
  • сахара, жирные кислоты, фосфолипиды (как классы соединений, т.е. без индивидуальных названий).

5. Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

11 марта 2016, Д.Диброва, А.Алексеевский

[ задания ] [ презентация ]

6. Мембранные белки

18 марта 2016, Д.Диброва

[ задания ] [ рекомендации ] [ презентация ] [ список выданных белков ]

7. Геномное окружение

25 марта 2016, А.Столярова, С.Спирин

[ задания ] [ подсказки ] [ список выданных генов ]

8. Gene Ontology

1 апреля 2016, Д.Диброва, С.Спирин

[ задания ] [ презентация ]

9. Коллоквиум

6 апр 2015, Д.Диброва, С.Спирин, А.Столярова, А.Алексеевский, Е.Аксянов, И.Русинов и др.

Блок 3: Сигналы

10. Поиск сигналов. Теория

8 апр 2015, А.Алексеевский, И.Русинов, Д.Бредихин

[ задания ] [ презентация ]

11. Поиск сигналов.

15 апр 2015, Д.Бредихин, А.Алексеевский, А.Жарикова

[ задания ] [ лекция и презентация ]

Блок 4: Эволюционные домены

12. Восстановление предкового состояния доменной архитектуры

29 апр 2016, А.Алексеевский, А.Жарикова, Д.Бредихин

[ задания ] [ указания ] [ скрипты ] [ презентация ]

13. Профиль семейства последовательностей белков

6 мая 2016, А.В. Алексеевский, А.Жарикова, Д.Бредихин

[ презентация ]

14. Коллоквиум по сигналам и эволюционным доменам

13 мая 2016, все

[ вопросы к коллоквиуму ] [ вопросы из билетов ]