2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 1
Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия.
Из нижеследующего списка протеобактерий выберите 7–8 названий.
Название |
Мнемоника |
Bradyrhizobium diazoefficiens |
BRADU |
Agrobacterium tumifaciens |
AGRRK |
Rhizobium etli |
RHIEC |
Rhodobacter sphaeroides |
RHOS4 |
Burkholderia cenocepacia |
BURCA |
Ralstonia pickettii |
RALPJ |
Neisseria meningitidis |
NEIMA |
Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE |
Enterobacter sp. 638 |
ENT38 |
Erwinia tasmaniensis |
ERWT9 |
Escherichia coli |
ECOLI |
Salmonella typhimurium |
SALTY |
Yersinia pestis |
YERPE |
Yersinia pseudotuberculosis |
YERPS |
Vibrio cholerae |
VIBCH |
Vibrio fischeri |
VIBFM |
Haemophilus influenzae |
HAEIN |
Pasteurella multocida |
PASMU |
Proteus mirabilis |
PROMH |
Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:
- Приведите в отчёте: а) скобочную формулу дерева; б) изображение дерева;
в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.
Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.
Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.
Пример отчёта
(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).
