Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Занятие 1

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру дня следующего занятия.

Из нижеследующего списка протеобактерий выберите 7–8 названий.

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:

• Приведите в отчёте: а) скобочную формулу дерева; б) изображение дерева;

  в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.

Пример отчёта

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).