Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2014

Знакомство с Pymol

Цель занятия использовать Pymol как модуль из Jupyter

1. Можно использовать pymol в режиме rpc сервера, но этот вариант не самый удобный : 

   1 pymol -x -R

А теперь подключимся к нему в Jupyter: 

   1 from xmlrpclib import ServerProxy
   2 cmd = ServerProxy(uri="http://localhost:9123/RPC2")
   3 ### скачаем что-то ###
   4 cmd.fetch('1lmp')
   5 ### fun ####
   6 import time
   7 for i in range (1,200):
   8      cmd.zoom(str(i-1)+"+"+str(i)+"+"+str(i+1)+'/CA')
   9      time.sleep(.5)

2. Попробуйте использовать модули Pymol для визуализации и воспроизведите работу этого скрипта в Jupyter на свой вкус . В коде есть недосказанность. Отчет в виде html из Jupiter c комментариями о работе кода 

   1 import __main__
   2 __main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
   3 
   4 import pymol
   5 pymol.finish_launching()
   6 from pymol import cmd,stored
   7 
   8 cmd.do('''
   9 fetch 1cll, async=0
  10 as lines, n. C+O+N+CA
  11 zoom i. 4+5
  12 mset 1 x1000
  13 mview store''')
  14 
  15 stored.r = [] 
  16 cmd.iterate('1cll and n. CA','stored.r.ap......')
  17 
  18 
  19 import numpy as np
  20 
  21 length = len(stored.r)
  22 colors = np.linspace(1,0.5, length)
  23 for k,i in enumerate(stored.r):
  24     cmd.set_color('col%d' %k, [colors[k],0.5,0.75])
  25     print [1,1,colors[k]]
  26     cmd.set('cartoon_co.....','col%d' % k ,'resi %d' % i)
  27 cmd.show_as('cartoon','all')
  28 
  29 for i in range(????):
  30     cmd.frame((10*i)+1)
  31     cmd.zoom( 'n. CA and i. %d+%d' % (i,i+7))
  32     cmd.mview('store')

Установка и модули

1. Скачайте и установите Anaconda или Miniconda 

conda install jupyter

conda install -c schrodinger pymol

conda install -c anaconda numpy

Подсказки

Для удаленной работы в котором на kodomo надо:

1. в Putty: 

jupyter notebook --port 43200

Внимание! реальный порт может отличаться от 43200

2. затем в браузере: kodomo.cmm.msu.ru:xxxxx где xxxxx цифры из консоли
можно посмотреть пример: http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/intro.html или http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/ipynb/ipymol-kodomo.html или творение ваших коллег: http://kodomo.cmm.msu.su/~sapsan/v2/terms/term8/PyMolPractice2.html