2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Практикум 12: Коллоквиум по выравниваниям
Обязательное требование
Необходимо твердо знать все про аминокислоты. Одно- и трехбуквенные обозначения, физико-химические свойства. Тут. Ошибки в этом вопросе НА ЛЮБОМ ЭТАПЕ ОБЩЕНИЯ С ПРИНИМАЮЩИМИ автоматически означают отправку студента на изучение данной таблицы с последующей проверкой вне зависимости от иных успехов, включая результаты контрольной работы.
Практическое задание
Продемонстрировать результаты работы программы BLAST для вашего белка (можно использовать результаты 11 практикума). Вы должны показать страницу с параметрами BLAST, страницу с результатом запуска и построенное множественное выравнивание 20-30 гомологов.
Будут заданы вопросы по формату выдачи BLAST’а: что означают там различные параметры, каков E-value, достоверна ли находка и проч.
Будут заданы вопросы по выравнивания: указать блоки, определить, гомологичны ли указанные аминокислоты.
Всем будет задан один из двух вопросов
Что такое вес выравнивания? Надо знать, как он считается, понимать, что такое аффинные гэпы, матрица сходства.
Что такое E-value? Надо знать, как считается, и понимать, что означает.
В процессе обсуждения надо знать
Гомология последовательностей
Гомология аминокислот
Критерии гомологии аминокислот
Блок
Сущностная и формальная (техническая) постановка задачи
Точные и эвристические алгоритмы
Match
Mismatch
% identities
% positives
gap column
gap
insertion
deletion
indel
Вес выравнивания (score)
Bit-score
E-value
Матрица сходства (матрица замен)
BLOSUM62
Gap pennalty
Аффинные гэпы
Gap opening pennalty
Gap extention pennalty
Вот все эти слова надо знать. И понимать, что они означают. И не путаться.
И еще понимать, что делают вот эти программы и алгоритмы (что на входе, что на выходе, какую задачу решают, формальную и сущностную, эвристически или точно)
needle
water
Muscle
Mafft
ClustalO
T-coffee
BLAST + надо уметь понимать выдачу BLAST