2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
"Не удалось определить, какая из последовательностей не гомологична..."
На этот раз письмо дошло, но я открыл ноут только сейчас (((
Скачал последовательности и построил выравнивание. Сразу на глаз найти лишнюю последовательность не сумел.
На глаз заметил, что G0ABP6_COLFT, R6H9T3_9FIRM и I3ZKV0_TERRK более похожи.
Сделал группу из этих трех посл и раскрасил эту группу (выделение, правая кнопка мыши на именах выделенных посл).
В группе из трех есть хорошие блоки.
Их примерные координаты по G0ABP6_COLFT: от KYT до HEW, от VGI до NED, от ELN до AYD. В этих блоках достаточно консервативных позиций и нет гэпов.
Я посмотрел на функции белков, указанные в Uniprot, т.к. не нашел убедительных аргументов для выбора лишней посл из трех оставшихся.
По функции добавил K0NLA7_DESTT к трем ранее выбранным. Сделал и раскрасил группу из 4х.
Остается выбрать одну лишнюю из двух.
У последовательности A7HY65_PARL1 на участках 1го и 2го блоков для 4х посл две довольно длинные делеции. Это подозрительно.
Проверяю, для скольких консервативных колонок для блоков из 4х посл стоит тот же, или из той же функ группы, остаток в оставшихся двух посл-ях. Таких колонок заметно больше для S0NHA9_9ENTE.
Наверное, лишняя последовательность - A7HY65_PARL1.
Не зная того, что лишней является ровно одна последовательность, я бы отверг A7HY65_PARL1 и очень бы сомневался в S0NHA9_9ENTE.
Возможен вопрос: можно ли использовать дополнительную информацию о белках из баз данных для выполнения задания?
Ответ: Да, можно. В анализе последовательностей, как правило, ни один аргумент не является решающим. Надежность заключения возрастает при использовании нескольких аргументов, подтверждающих заключение.
AAl
Original Message
From: Елена Матвейшина <mek.genm@gmail.com> To: aba@belozersky.msu.ru Sent: Sun, 8 May 2016 13:15:53 +0300 Subject: первый практикум по выравниваниям
> Здравствуйте, Андрей Владимирович! > У меня возникли сложности с > выполнением первого практикума по
> выравниваниям. Не удалось определить, > какая из последовательностей не > гомологична. Я построила > выравнивания без каждой из моих > шести
- последовательностей по-
> отдельности, но все выравнивания > были очень
- плохие. Я не знаю, как
> интерпретировать эти результаты. Что > мне дальше
- делать? Вот ссылка на
> страницу этого практикума на моем > сайте:
> > P.S. Надеюсь, в этот раз дойдет
End of Original Message