Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Практикум 11. Советы и рекомендации

1. Получение предсказаний генов с помощью Prodigal

1. Установите программу Prodigal на свой компьютер (скачайте последнюю версию с официального сайта http://prodigal.ornl.gov/ - есть версии для Linux, Windows и MacOS).

2. Скачайте с помощью EMBOSS последовательность выданной вам плазмиды в форматах gff и fasta (пользуйтесь seqret с соответствующими опциями; вам обязательно потребуется, чтобы в итоговом файле были сохранены особенности, англ. features; в качестве входной базы данных лучше использовать embl).

3. Запустите программу с параметром -h, чтобы посмотреть доступные опции; запустите программу с выбранными опциями. Советую выбрать минималистичный формат sco для записи результата, он удобнее для дальнейшей работы.

2. Сравнение предсказаний генов в базе данных и программой Prodigal

Сравнение результатов работы программы Prodigal и аннотации в GenBank рекомендую делать с помощью скрипта на Python, но если это затруднительно, могу предложить следующий "костыль" с использованием Excel.

1. Импортируйте таблицу особенностей аннотации в базе данных в Excel.

   • Откройте файл с таблицей особенностей (в формате gff), скачанный с помощью EMBOSS, с помощью текстового редактора.

   • Удалите "шапку" сверху и последовательность белка (после строки ##FASTA).

   • Сохраните файл в файл с новым именем.

   • Импортируйте файл в Excel и скопируйте его содержимое в отдельный лист отчетной книги Excel (с названием, например, gff)

   • Выставьте фильтр по типу особенности "CDS" в соответствующей колонке.

   • Скопируйте на отдельный лист (с названием, например, comparison) только записи, соответствующие CDS, и оставьте только столбцы, соответствующие началу, концу и направлению гена.

2. Импортируйте предсказание Prodigal

   • Импортируйте файл с предсказанием Prodigal (в формате sco) в Excel и скопируйте его содержимое в отдельный лист отчетной книги Excel (с названием, например, prodigal). При импорте используйте в качестве разделителя символ нижнего подчеркивания "_".

   • Скопируйте на лист comparison только столбцы, соответствующие началу, концу и направлению гена.

3. (самое неприятное в Excel) Для поиска значений в таблице можете пользоваться функцией ВПР (в английской версии - VLOOKUP). Ее синтаксис:

   • ВПР(искомая ячейка; таблица где искать; столбец; ЛОЖЬ)

   • Обратите внимание: поиск значений из искомой ячейки будет осуществляться В ПЕРВОМ столбце заданной таблицы, а столбец позволяет вам выдать в результате выполнения функции столбец из этой таблицы с заданным номером.

   • Для подсчета числа значений можете пользоваться функциями ЕСЛИ (IF) и И (AND), а также СЧЁТЕСЛИ (COUNTIF).

   • Придется сделать несколько вспомогательных столбцов. Логика примерно следующая (для начал генов):
     • колонка 1: для каждого начала в аннотации Genbank получить информацию о том, находится ли такое начало в аннотации Prodigal и вывести его;
     • колонка 2: для каждого начала в аннотации Genbank, если оно находится в Prodigal, вывести конец из аннотации Prodigal;
     • колонка 3: сравнить, совпадает ли конец из аннотации Prodigal в колонке 2 и конец в аннотации Genbank;

     • (подсчет чисел из колонки 3 = число совпадающих полностью генов);

     • колонка 4: действительно ли это начало является стартом трансляции белка (учет направления);

     • (умный подсчет чисел из колонки 4 = число совпадающих только с 5'-конца генов;