Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Задание 1 (обязательное)

Повторить или выучить

• названия азотистых оснований, нуклеозидов и нуклеотидов (a,t,g,c,u), включая принцип нумерации атомов.
• структуру фосфодиэфирной связи,
• структуру водородных связей в канонических парах,
• различия в химическом строении ДНК и РНК.

Форма контроля — тест №1 и итоговая контрольная.

Задание 2 (обязательное)

Научиться рисовать нуклеотиды и фрагменты нуклеиновых кислот с помощью программы MarvinSketch. Результаты сохранить в файле H:/term3/block1/pr1/nucl.mrv В работе используйте готовые заготовки (Template > Nucleosides).

Упр.1. Нарисовать на одном листе

• 2'-дезоксигуанозиндифосфат, 2'-дезокситимидинмонофосфат
• уридин
• псевдоуридин
• Пронумеровать атомы остатков азотистых оснований и сахара. Выделить красным цветом атомы, связанные N-гликозидной связью.

См. подсказки.

Упр.2. На следующей странице воспроизвести изображение фрагмента двухцепочечной ДНК, приведенное в презентации к занятию 1. См. подсказки.

Форма контроля — html страница на вашем сайте.

Задание 3 (дополнительное и отчасти исследовательское)

Сопоставить структуру водородных связей в канонических и теоретически возможных неканонических парах. Для заданного азотистого основания на новом листе нарисовать каноническую пару и все возможные на ваш взгляд неканонические пары. Водородные связи указать пунктирными линиями. Для упрощения задачи работаем именно с основаниями, и будем считать, что донорами водорода являются группы -NH₂ и >NH, а акцепторами водорода атомы О и N, которые не связаны с водородом. При выполнении упражнения полезно помнить, что водородные связи имеют примерно одинаковую длину и геометрию . То же упр., но выполненное с нуклеотидами и/или с рассмотрением возможных таутомеров, будет оценено на более высокий балл.

Форма контроля — отчет на html странице вашего сайта.

Отчет, кроме изображений канонической пары и всех придуманных вами возможных неканонических пар должен содержать текст с пояснениями, какие пары и почему представляются вам наиболее предпочтительными. Страницу с отчетом нужно представить до 3его занятия.

Служебная информация ( к заданию отношения не имеет!!!)

sed -i 's/#/||/g' list_old | awk -F "#" '{gsub(/ /, "", $2);gsub(/ /, "", $4);gsub(/ /, "", $5);gsub(/ /, "", $6); printf "%s ||%5s||%40s||%10s||%6s||%6s||%30s||\n", $1,$2,"  ",$4,$5,$6,$7} > list
awk -F "#" '{printf "%30s\n", $3}' stud > stud1
vim paste