2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Задание
1.(0.5 балла) Напишите программу, которая читает файл в формате FASTA (имя файла может быть задано переменной в первых строках программы). Файл должен содержать нуклеотидные последовательности. Программа должна вычислить для них комплементарные и напечатать в другой файл в формате FASTA.
2.(0.5 балла) Прочитать файл с выравниванием в формате ClustalW. Вывести строку, в которой для каждой позиции выравниваниея стоит либо маленькая буква, соответствующая наиболее частой букве в позиции, либо заглавная буква, если данная позиция является полностью консервативной (и в ней встречаются только гэпы или одна и та же буква).
3. (1 балл) Дано множественное выравнивание в формате fasta. Написать скрипт, который принимает 2 аргумента 1) имя файла с выравниванием 2) имя последовательности. Скрипт выводит все позиции, отличающиеся у заданной последовательности от остальных в виде таблички.
позиция ак_в_заданной_последовательности ак_в_остальных_последовательностях
10 A V
11 G K,R
....
4. (0.5 балл) Программа с использованием Biopython, которая делает что-нибудь полезное для вашей курсовой работы и др.
Примеры множественных выравниваний в формате ClustAl (Берете файлы с расширением .clustalw)