Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Эволюция последовательностей

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

Новости

5 мая 2017

Занятие 12 мая начнется с миниКР по сигналам (информационное содержание, PWM). Положительный результат зачтется как ответ на вопрос коллоквиума.

ААл

14 апреля 2017

Задание практикума 9 по сигналам выполняется командами из двух студентов.

До 17 апр. договоритесь про команду и запишитесь в таблицу на стр. прак. 9

  • ААл

14 марта 2017

По осеннему семестру проставил штрафы за опоздания выполнения практикумов блоков 2 и 3. -0.5 за выполнение после мягкого deadline но до жесткого, -2 за сдачу в зачетную сессию, -3 за сдачу в февр - марте.

Такая система будет и в этом семестре. ААл

Проверил 1-4 праки у людей, чьи фамилии после буквы М. Если кого-то пропустил, кто-то что-то доделает до зачета - пишите мне на один из контактов, что я написал в SideInfo. Прошу делать привязку вашего творчества к странице - так проверять легче. ПДД

Насколько помню, у многих на зачете возникают проблемы с PWM, MEME, GibbsSampler и HMM.(ПДД)

Лекции Павла Певзнера

PWM, MEME и GibbsSampler

1. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 1)

2. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 2)

3. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs (Part 3)

4. How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 1)

5. How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 2)

6. How Rolling Dice Helps Us Find Regulatory Motifs (Part 3)

HMM - это в том или ином виде вам рассказывали

1. Gambling with Yakuza

2. From a Crooked Casino to a Hidden Markov Model

3. The Decoding Problem

4. The Viterbi Algorithm

5. Profile HMMs for Sequence Alignment

6. Classifying Proteins with Profile HMMs

Для самых стойких, это вам расскажут на биоалгоритмах.

Немного об обучении

  1. Viterbi Learning

  2. Soft Decoding Problem

  3. Baum-Welch Learning

Блок 1: Молекулярная филогения

1. Что такое филогенетическое дерево

10 февраля 2017, С.Спирин, А.Ершова

[ задания ] [ презентация ]

2. Реконструкция филогении

17 февраля 2017

[ задания ] [ презентация ]

3. Укоренение и бутстрэп

3 марта 2017

[ задания ] [ презентация ]

4. Коллоквиум по первому блоку

10 марта 2017

[программа коллоквиума]

[ задания практикума 4 ]

Блок 2: Функциональные классы белков

5. Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.

17 марта 2017, Д.Диброва

[ задания ] [ презентация ]

6. Геномное окружение. Онтология GO

24 марта 2017, Д.Диброва

[ задания ] [ презентация ]

7. Мембранные белки

31 марта 2017, Д.Диброва

[ задания ] [ презентация ] [ список выданных белков ]

8. Коллоквиум по второму блоку

7 апреля 2017

К коллоквиуму 7 апреля вы должны уметь узнавать по химической формуле следующие вещества и знать их полные названия (желательно знать, для чего они используются ферментами): АТФ, АДФ, АМФ, цАМФ, НАД/НАДН, НАДФ/НАДФН, ФАД, ФМН, хиноны/хинолы (класс соединений), КоА, биотин, тиаминдифосфат, гем (класс соединений).

Также нужно уметь узнавать:

  • обычные нуклеотиды (аденин, гуанин, тимин, урацил, цитозин);
  • аминокислоты (20 канонических);
  • сахара, жирные кислоты, фосфолипиды (как классы соединений, т.е. без индивидуальных названий).

Блок 3: Сигналы

Практикум

Без штрафов

Штраф 0.5

9

02 мая 11:30 (утра!)

10 мая 11:30

10

10 мая 11:30

10 мая 11:30

коллоквиум

19 мая сигналы + домены

9. Поиск сигналов. Теория

14 апр 2017, А.Ершова, А.Жарикова, А.Алексеевский

[ задания ] [презентация pptx pdf ]

10. Поиск сигналов. chip-seq

21 апр 2017, А.Ершова, А.Жарикова, А.Алексеевский

[ задания ] [презентация]

[лекция и презентация]

Блок 4: Эволюционные домены

Практикум

Без штрафов

Штраф 0.5

11

11 мая 11:30 (утра!)

19 мая 5:00 (утра!)

12

15 мая 11:30

19 мая 5:00 (утра!)

13

см. прак. 12

коллоквиум

19 мая сигналы + домены

11. Реконструкция эволюции доменной архитектуры

28 апр 2017

А.Алексеевский

[ задания ] [ указания ] [ скрипты ] [ презентация ] [ сценарии ]

12. Профили

5 мая 2017

А.Алексеевский

[ задания ] [ указания ] [ презентация ]

13.

12 мая 2017

С.А.Спирин

[ задания ] [ указания ]

14. Коллоквиум по сигналам и эволюционным доменам

19 мая 2017

Все

[ программа коллоквиума ]