2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Программа коллоквиума 10 марта 2017
На коллоквиуме нужно будет:
- Открыть свой проект в Jalview. Там должны быть окно с выравниванием и окно с деревом, наличие других окон не возбраняется. Имена последовательностей на выравнивании и на дереве должны быть мнемониками видов – BACSU и т.п.
- Указать на дереве все нетривиальные ветви.
- Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, отличается ли топология реконструированного дерева от топологии эталонного. Если отличается, то указать различающиеся ветви. Если нет, то объяснить, почему.
- Указать на реконструированном дереве ветвь, в которую укоренено эталонное дерево (если таковая имеется).
- Открыть в MEGA выравнивание с добавленной последовательностью ECOLI.
- Реконструировать дерево методом Maximum parsimony.
- Укоренить в ветвь, отделяющую ECOLI.
- Получить изображение укоренённого дерева протеобактерий (без ECOLI). Указать отличия от эталонного дерева и от дерева, реконструированного Jalview.
- Открыть в MEGA выравнивание последовательностей фирмикут (без ECOLI).
- Провести бутстреп-анализ (метод Neighbor-Joining, число реплик 100).
- Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях.
- Отличаются ли по топологии два дерева ("Original tree" и “Consensus tree”), если да, то какими ветвями? Какое дерево ближе к эталонному?
Все файлы должны быть готовы заранее, при этом лежать в таких директориях и называться так, чтобы вы их находили без проблем, с первой попытки.
Кроме того, нужно будет проделать какое-нибудь упражнение из следующего списка:
- Дано неукоренённое дерево. Нарисовать его укоренение в заданную преподавателем ветвь.
- Дано неразрешённое дерево. Нарисовать какое-нибудь его разрешение.
- Дано дерево. Нарисовать неразрешённое дерево, получаемое удалением указанной преподавателем ветви.
- Дано два дерева с совпадающими наборами листьев. Нарисовать их консенсус.
- Дано дерево. Нарисовать два дерева, получаемых локальными перестройками (NNI) по указанной преподавателем ветви.
и ответить на один-два вопроса из следующего списка:
- Что такое ортологи и паралоги?
- Почему дерево ортологичных белков не всегда совпадает с деревом соответствующих организмов?
- Что такое "ультраметрическое дерево"?
- Что такое свойство "аддитивности" (расстояний между листьями по дереву)
- Объяснить, как расстояния между последовательностями оцениваются на основании принципа наибольшего правдоподобия.
Сколько ветвей у разрешённого дерева с n листьями? Сколько из них нетривиальных?