2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Занятие 1
10 февраля 2017
Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру 17 февраля.
Из нижеследующего списка бактерий отдела фирмикут выберите 7–8 названий.
Название |
Мнемоника |
Bacillus anthracis |
BACAN |
Bacillus subtilis |
BACSU |
Clostridium botulinum |
CLOBA |
Clostridium tetani |
CLOTE |
Enterococcus faecalis |
ENTFA |
Finegoldia magna |
FINM2 |
Geobacillus kaustophilus |
GEOKA |
Lactobacillus acidophilus |
LACAC |
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus |
LACDA |
Lactococcus lactis subsp. cremoris |
LACLM |
Listeria monocytogenes serovar 1/2a |
LISMO |
Staphylococcus aureus |
STAAR |
Staphylococcus epidermidis |
STAES |
Streptococcus pyogenes serotype M1 |
STRP1 |
Streptococcus pneumoniae serotype 4 |
STRPN |
Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:
- Приведите в отчёте: а) скобочную формулу дерева; б) изображение дерева;
в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.
Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.
В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.
Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.
Пример отчёта
(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).
