2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Задания. Практикумы 11 и 12
Задание 1. Построить выравнивание представителей домена Pfam белков с разной доменной архитектурой
См. указания
- Выбрать домен. Описать доменные архитектуры белков, содержащих домен.
- Выбрать две архитектуры, включающие этот домен
- Выбрать таксон и два его подтаксона для сравнения
- Выбрать не менее, чем по 20 представителей каждой из архитектур; для каждого подтаксона должно быть не менее 10 представителей каждой архитектуры.
- Определить таксономию каждого представителя.
- Получить и, при необходимости, отредактировать совместное выравнивание всех отобранных последовательностей домена.
В отчете на сайте должно быть:
- Описание выбранного домена из Pfam:
- AC
- ID
- функция домена
- ссылка на страницу домена в Pfam
- Таблица или список разных доменных архитектур с этим доменом и указанием числа последовательностей (можно поставить ссылку на соответствующую страницу Pfam).
- Описание выбранных доменных архитектур; для каждой:
- число представителей
- характеристика других доменов
- Описание выбранного таксона и его подтаксонов.
- Ссылка на таблицу Excel с описанием всех белков из Uniprot, включающих домен и, на отдельном листе, с выборкой представителей с указанием доменной архитектуры и подтаксона.
Выравнивание отобранных вами последовательностей домена, разбитое на группы по доменным архитектурам и раскрашенное по консервативности внутри групп. Выравнивание должно быть обработано редактором JalView и сохранено как "Project" (File → Save project в главном окне) в файл с расширением jvp.
- Обоснование правильности выравнивания
Задание 2. Построить филогенетическое дерево последовательностей ДОМЕНА (а не полноразмерных белков)
См. указания
В отчете на сайте должно быть:
- Рисунок филогенетического дерева домена, раскрашенного и с "говорящими" именами листьев
- Расшифровка кодов доменной архитектуры и таксонов, используемых в названиях листьев
- Указание метода построения дерева
- Скобочная структура дерева или ссылка на файл с ней
- Описание эволюции доменных архитектур
- на какой ветви, какая перестройка
- число перестроек доменной архитектуры на дереве в вашей модели
- обсуждение
Возможны уточнения задания 3
Задание 3. Построить профиль подсемейства и охарактеризовать качество его работы
См. указания
Средства: программы пакета HMMER 2.3.2 (установлен на kodomo).
Последовательность действий
В отчете на сайте должно быть:
На самом деле
принадлежит подсемейству
не принадлежит
сумма
Выше порога по профилю
X
Y
X+Y
Ниже порога
U
V
U+V
сумма
X + U
Y + V
X + Y + U + V
Чувствительность и специфичность профиля, их еще называют ошибками первого и второго рода (см. http://en.wikipedia.org/wiki/Precision_and_recall). Из четырех чисел ученые люди умудряются рассчитать 13 (тринадцать)!!! ОЧЕНЬ ВАЖНЫХ ПАРАМЕТРОВ))), см. ссылку. Если разберетесь в некоторых, то будете молодцом.