Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Построение и характеристика профиля

Подсемейство и выборка из него

• Подсемейство - не то же, что выборка из него!

• Выберите кладу на дереве, листья будут составлять выборку
  • Выборка хорошая, если вы можете охарактеризовать ее в терминах
    • доменной архитектуры,
    • таксономической принадлежности или
    • диагностических позиций в выравнивании
  • Примеры
    • "выборка состоит доменов белков 1й доменной архитектуры"
    • "выборка состоит из доменов белков грибов со 2й доменной архитектурой"
    • "выборка состоит из представителей бета-протеобактерий"
    • "выборка состоит из белков млекопитающих, которых в позициях 23-25 выравнивания стоит мотив RGG" (такой способ связан с определенными трудностями проверки)
• Подсемейство состоит из ВСЕХ последовательностей с данным доменом, для которых выполнены условия на выборку. Как правило, в подсемействе много больше последовательностей, чем в выборке.
• Отметьте всех представителей подсемейства (не выборки!) в файле .xlsx со списком всех последовательностей семейства с данным доменом (см. предыдущее задание)
• Ваша задача - построить профиль по ВЫБОРКЕ такой, который будет ловить всех представителей ПОДСЕМЕЙСТВА
• Извлеките представителей выборки из выравнивания и сохраните в отдельном файле.

• Для построения профиля используйте пакет HMMER. Он установлен на kodomo. Подсказка ко всем трём программам даётся опцией -h. Более подробную информацию можно получить, выполнив команду man hmm2build (аналогично с hmm2calibrate и hmm2search).

• Постройте профиль программой hmm2build.

• Откалибруйте профиль программой hmm2calibrate

• Проведите поиск по всем белкам Uniprot, включающим ваш домен, программой hmm2search, используя откалиброванный профиль. Вам понадобится файл в fasta-формате со всеми белками Uniprot, включающими хоть один домен из вашего Pfam-семейства.

• Сравнивать списки можно средствами Excel или Python. Приведите ссылки на исходные списки и на средства работы с ними (книгу Excel или скрипт).

Дополнительная информация

На kodomo, помимо пакета HMMER 2.3.2, установлен более новый пакет HMMER 3.0. Его программы отличаются отсутствием двойки в названии (например, hmmbuild вместо hmm2build). К сожалению, hmmbuild не принимает выравнивания в обычных форматах (fasta, aln, msf), поэтому с hmm2build работать проще. Впрочем, Jalview умеет сохранять выравнивания в стокгольмском формате, который hmmbuild понимает, поэтому можете работать с ним (или даже, как дополнительное задание, сравнить результаты работы старого и нового пакетов). Калибровка профиля в HMMER 3.0 не требуется.