Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Занятие 6. Геномное окружение. База данных GO

Отчёт по заданию должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра, к утру 31 марта 2017 г.

1. Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок

• Используйте для работы белок, который был выдан вам для работы в 1 семестре (далее он будет называться "ваш белок");
• Определите КОГ, к которому он относится:

  • Откройте сервис CDD (Conserved Domain Database);

  • В поле поиска вставьте последовательность белка в FASTA-формате и нажмите клавишу Submit;

  • В правом верхнем углу выберите в поле View режим Full Results;

  • В списке хитов найдите хиты, относящие Ваш белок к тому или иному КОГу;

  • С помощью последнего релиза базы данных посмотрите название данного КОГа и функциональную категорию, к которой он относится.

• Приведите на странице отчета следующие данные:

  • Идентификатор КОГа;

  • Величину e-value для отнесения Вашего белка к данному КОГу (см. результаты CDD);

  • С какого по какой остаток вашего белка в нем обнаруживается КОГ (см. поле Interval в результатах CDD) и сколько всего в белке остатков;

  • Название КОГа и функциональную категорию (или категории) на английском языке;
  • Перевод названия КОГа и функциональной категории (категорий) на русский язык.

2. Визуализация геномного окружения

• Получите изображение геномного окружения для обнаруженного КОГа с помощью STRING и/или COGNAT. Приведите изображение(я) с подробной подписью (что изображено, какой программой получено, каковы параметры программы, что каким цветом покрашено и др.) на отчетной странице.

• Ответьте на вопросы:

  1. Наблюдается ли в выданной вам группе белков консервативное геномное окружение? Если да, какие КОГи его образуют? Связаны ли они каким-то образом функционально (для ответа на этот вопрос может пригодиться использовать отнесение белков к терминам GO, см. задание 3)?

  2. Является ли геномное окружение консервативным во всех наблюдаемых случаях или есть вариабельность? Если есть, опишите, в чем она состоит.

3. Отнесение вашего белка к терминам GO

• Пример подзаголовка для данного задания: "Отнесение белка <НАЗВАНИЕ ВАШЕГО БЕЛКА> из <ОРГАНИЗМ> к терминам GO"

• С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST обнаружьте в БД GO белок, который наиболее похож на ваш. Посмотрите выравнивание (BLAST match), сравните организм, к которому принадлежит находка, с организмом, к которому принадлежит Ваш белок. На страничке отчета укажите величину e-value для наилучшей находки и скажите, является ли найденный в БД GO белок тем же самым, что и Ваш (если нет - то оцените меру их сходства).

• Перейдите на страничку белка-находки (щелчок по названию в таблице с результатами BLAST, потом вкладка N term associations) и заполните Таблицу 1 в отчете. Чтобы узнать идентификатор Uniprot белка-находки, перейдите на вкладку Gene product information, и ищите слово Uniprot.

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P0ACJ8 (CRP_ECOLI) <вставьте идентификаторы белка-находки по принципу AC (ID)>

• Для всех кодов типов достоверности, которые встречаются в вашей Таблице 1, заполните Таблицу 2 и приведите ее в отчете. Объяснение пишите, пожалуйста, своими словами, таким образом, чтобы на коллоквиуме вы смогли объяснить преподавателю, что означает данный код.

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.

• Напишите абзац (или несколько) СВЯЗНОГО ТЕКСТА, объясняющего, что именно Вы сделали; в этом тексте должны вводиться таблицы 1 и 2, а также содержаться любая другая дополнительная информация, ваши выводы и т.п.

Подсказки и рекомендации