Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2015

Занятие 7

Отчёт должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра, к утру 7 апреля 2017 г.

1. База данных OPM

Обратите внимание: в базе данных OPM положительно заряженная часть мембраны показана КРАСНЫМИ шариками, хотя формально это атомы кислорода и они должны быть заряжены отрицательно.

  1. Найдите в БД OPM выданный вам белок (поиск по идентификатору). Скачайте предсказание его расположения в мембране. Для этого белка определите:

    • Толщину гидрофобной части мембраны: можно измерить в Jmol (правая кнопка мыши => measure => distance; в PDBTM надо фон сделать черным); следите чтобы отрезок между атомами, выбранными для измерения, был перпендикулярен плоскости мембраны! Можно использовать информацию о толщине гидрофобной части мембраны из БД OPM.

    • Координаты трансмембранных спиралей (номера остатков, погруженных в мембрану, указаны в БД).

    • Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном β-тяже) белка.

    • В какой мембране находится белок (например, "внешняя мембрана бактерии" и т.п.).

  2. С помощью поиска по уровням классификации найдите любой белок, в трансмембранной части которого не α-спирали, а β-листы. Выполните для него действия из п. 1.

  3. Полученные параметры для двух белков приведите на сайте в виде таблицы.

  4. Получите изображение белка, где p-сторона мембраны будет направлена вверх, а вторичная структура будет хорошо видна. Приведите изображение на странице с подписью.

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Цели задания: оценить корректность предсказания сервисов TMHMM и Phobius.

  1. Запустите сервисы TMHMM и Phobius для выданного белка. Сохраните результаты в графическом и текстовом видах для обоих программ. Приведите графики на сайте; в подписи к рисункам опишите подробно, что показано по осям и что каким цветом окрашено.

  2. На качественном уровне опишите, насколько совпадают результаты программ TMHMM и Phobius друг с другом и реальной структурной информацией из БД OPM (см. п. 1). Есть ли спирали, полностью "не замеченные" предсказывающими программами или, наоборот, лишние предсказания?

  3. (*, не обязательно) Опишите, в чем состоит различие алгоритмов TMHMM и Phobius. Пользуетесь обзорными статьями или статьями по данным программам.

3. База данных TCBD

  1. Найдите в БД TCBD выданный вам белок и белок из п. 2 задания 1. Если они там обнаружены, посмотрите, что означают цифры TC-кода для этих белков. Переведите сведения на русский язык и представьте на странице практикума.

  2. (*, не обязательно) Опишите, в чем состоят функции данных белков в клетке. Можно пользоваться разными источниками информации (приводите источник только при описании):

    • Найдите субстраты этих белков в БД KEGG. Посмотрите, в каких метаболических путях они участвуют.

    • Посмотрите описание в TCBD.

    • Отнесите белки к терминам GO.

    • Отнесите белки к КОГам, посмотрите геномное окружение.