2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Поиск по PDB и содержание PDB файлов
Приведите примеры следующих ситуаций. Описание должно включать pdb код и строчки из PDB файла, описывающие ситуацию.
- Примеры атомов с коэффициентом заполнения (Occupancy), не равным 1, и altercode для них (посказка: ищите с помощью advanced search структуры, решенные с помощью X-ray с разрешением меньше 1 ангстрема, последних лет; можно визуализировать содержание PDB прямо на сайте и вырезать нужную строчку вместе с парочкой соседних)
Не расшифрованные аминокислотные остатки (Missing residues) (ищите, наоборот, структуры плохого разрешения > 3 ангстрем)
C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1) последовательность природного белка из Uniprot; (2) последовательность белка, который кристаллизовали — он может отличаться наличием тэгов, или же быть частью природного белка, например, доменом; (3) та часть последовательности (2), которая соответствует "видимой" методом РСА (то есть одинаково расположенной во всех ячейках кристалла) части белка.
Приведите один пример, в котором (1) и (2) не совпадают. В "advanced search" можно использовать поиск Wild Type protein из раздела Sequence Features. В файле см. поле DBREF c UNP (от Uniprot); SEQADV строчки, ну и missing residues.
- Худший и лучший B-фактор в структуре (в любом PDB файле; приведите строчки с соответствующими атомами и B-факторами; можно выбрать на глаз, не страшно, если это не абсолютные минимум и максимум)