2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Биоинформатика в 3D
Подсказка преподавателю: кандидат для вызова к доске: Рюмин Константин (только из: 1, 2)
Ведомость Только для студентов и преподавателей
Записаться в очередь на проверку
Новости
Спасибо Ивану Русинову за замену апплета Jmol на Jsmol в сервисе CluD для поиска гидрофобных кластеров в структурах белков и комплексов макромолекул!
Благодаря этому CluD полностью восстановил свою функциональность!
И задание по поиску гидрофобных кластеров в структурах (см. ссылку на "Здания для зачета по умениям") становится актуальным.
ААл
10 окт 2018 Коллеги!
Что требуется сделать до экзамена.
Перечисляю.
1) Сдать коллоквиум по ренгеноструктурному анализу (теория), см. расписание когда. Оценка за коллоквиум идет в оценку за экзамен.
2) Сдать отчет по Validation — качестве РСА расшифровке структуры белка и ошибках в этой расшифровке. И получить зачет за отчет.
3) Сделать доклад на журнальном клубе и оппонировать докладу кого-то из однокурсников. За журнальный клуб (доклад, оппонирование, активность участия в обсуждении – вопросы) ставится оценка, она тоже идет в оценку за экзамен.
4) Получить зачет по примерно 10-и умениям работы с 3D структурами, см. ссылку "Здания для зачета по умениям"( и страницу practices в ведомости).
5) На экзамене будет две темы: наш курс по 3D и алгоритмы Миронова. Итоговая оценка вычисляется как среднее.
ААл
Блок 1. Рентгеноструктурный анализ
1. Лекция 1
3 октября 2018, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ презентация ]
2. Семинар 1
5 октября 2018, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[ задание 1 (электронная плотность в PyMol) ]
3. Лекция 2
10 октября 2018, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ презентация ]
4. Семинар 2
12 октября 2018, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин
[ задание 2: восстановление кристалла по содержимому асимметрической ячейки ] [ задание 3: восстановление структуры по "экспериментальным данным РСА" в одномерной модели ]
5. Лекция 3
17 октября 2018, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)
[ презентация ]
6. Лекция 4. Оценка качества РСА расшифровки структуры. Поиск ошибок
24 октября 2018, А.В. Алексеевский
[ презентация ] [ отчёт по качеству расшифровки структуры ]
7. Лекция 5. Оценка качества РСА расшифровки (окончание). Основные сведения о ЯМР расшифровках структур белков
26 октября 2018, С.А. Спирин
8. Консультация по коллоквиуму
31 октября 2018
9. Коллоквиум по РСА
2 ноября 2018
Блок 2. Алгоритмы в 3D
10. Лекция 6. Алгоритмы выделения элементов вторичной структуры
7 ноября 2018, С.А. Спирин
[ презентация ]
11. Лекция 7. Алгоритмы выделения поверхности макромолекул
9 ноября 2018, А.О. Залевский
[ презентация ]
12. Лекция 8. Гидрофобные кластеры. Структурные доманы.
14 ноября 2018, А.В. Алексеевский
[ презентация: гидрофобные кластеры ] [ презентация: структурные домены ]
13. Лекция 9. Алгоритмы совмещения структур
16 ноября 2018, А.О. Залевский
14. Лекция 10. Домены (завершение). Структурные классификации белков
21 ноября, С.А.Спирин
[ презентация ]
Блок 3. Журнальный клуб
[Правила] В рамках обозначенной темы студент СВОБОДЕН в содержании и построении доклада; не обязательно использовать все предлагаемые статьи - можно сузить тему и выбратьодну или несколько из них на свой вкус; можно вообще использовать только какие-то другие в рамках темы. ГЛАВНОЕ: доклад должент быть понятен и интересен себе любимому; другим студентам и преподавателям 
Выбрав тему доклада или оппонирования, а также желаемую дату выступления, записывайтесь самостоятельно: темы и расписание открыты студентам на запись. Выбирайте ближайшую подходящую дату (иначе мы не уложимся в расписание). Преподаватели должны утвердить распиание (и тему) во избежание конфликтов.