2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Требования к структуре для выполнения большинства заданий
Со страницы структуры на сайте PDBe должен быть доступен для скачивания файл с электронной плотностью
Чтобы проверить, так ли это, зайдите на страницу структуры (например, для кода 1XYZ адрес выглядит так: http://www.ebi.ac.uk/pdbe/entry/pdb/1xyz ), найдите в правой части меню Downloads и посмотрите, есть ли в этом меню пункт EDS map. Если нет, возьмите другую структуру.
- Наличие электронной плотности означает, что: 1) модель сделана рентгенострукутрным анализом; 2) авторы модели положили в PDB не только саму модель, но и свои экспериментальные данные.
- Экспериментальные данные РСА называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors). Он (если существует) тоже доступен для скачивания с сайта PDB.
Имеются подходящие структуры белков, сходных одним из белков вашей модели
Проверка наличия сходной структуры: PDBeFold → launch → Query → внесите ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите, чтобы было 5 или более разных белков с RMSD (колонка с оценкой сходства) от 0,8 до 3 ангстрем и N_align (колонка с числом сопоставленных Cα) от половины до 90% от числа аминокислотных остатков входного белка. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы — спрашивайте.
Для отчёта по качеству структуры крайне желательна статья, опубликованная по результатам расшифровки. Обычно она указывается в самом PDB файле. Если статья есть, но нет доступа к полному тексту, то напишите преподавателям.
Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей.