2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Умение: изображать и анализировать электронную плотность (ЭП) для PDB файла
1. Выберите PDB ID, удовлетворяющее требованиям
2. Установите у себя на компьютере PyMol
Форма отчёта — веб-страница со ссылкой со страницы семестра
Отчёт должен включать:
- название белка, PDB код;
- разрешение структуры;
- рисунки электронной плотности с подписями;
- заключение о соответствии координат атомов сгущениям электронной плотности на основе полученных рисунков.
3. Постройте изображение электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи
Имеется в виду, что при визуализации ЭП вы уберете боковые цепи.
4. Постройте изображение ЭП вокруг трех различных аминокислотных остатков
Пояснения.
- ЭП, скачиваемая с PDBe, условно экспериментальная. В чем условность, будет объяснено на лекциях.
При визуализации используются не физические единицы измерения — "заряд/кубический ангстрем", а статистические — превышение Z сигнала над шумом. Для вычисления Z рассчитывается среднее значение ЭП по ячейке кристалла M и среднее квадратичное отклонение σ. Для каждой точки вычисляется Z = (R – M)/σ. Здесь R — значение ЭП в данной точке пространства (x,y,z) в физических единицах, Z — значение ЭП "в сигмах" в той же точке.
Указания.
- Для визуализации электронной плотности надо скачать файл с картой электронной плотности.
См. инструкции по pymol.
- Выбирайте остатки, различные по типу (триптофан, лизин, аланин, например). Так интереснее!
Используйте 2–3 уровня подрезки электронной плотности, чтобы лучше оценить качество модели пространственной структуры, представленной в PDB файле.
Разъяснение. В сферически симметричной модели атома функция электронной плотности достигает максимума в центре ядра. Не противоречит ли это представлениям об орбиталях электронов?
НЕТ. Орбитали устроены так, что, хотя некоторые из них не являются сферически симметричными и достигают максимума плотности не в центре, сумма орбиталей одного атома сферически симметрична и имеет максимум в центре.