[Показать меню]

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2015

• ...

Биоинформатика в 3D

Подсказка преподавателю: кандидат для вызова к доске: Зинкевич Арсений (только из: 1, 2)

Расписание

Ведомость Только для студентов и преподавателей

---

Записаться в очередь на проверку

Состояние очереди

---

Информация

---

Список заданий для зачета умений

Для некоторых заданий нужен белок, pdb файл которого удовлетворяет [требованиям]

Блок 1. Рентгеноструктурный анализ

1. Лекция 1

2 октября 2019, В.Ю. Лунин (ИМПБ РАН)

[ презентация pptx ] [ презентация pdf ]

2. Семинар 1

4 октября 2018, Александр Злобин, Валентина Маслова, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин

[ конспект семинара ] [ задание 1 (электронная плотность в PyMol) ] [ Иллюстрации ]

3. Лекция 2

9 октября 2019, В.Ю. Лунин

[ презентация pptx ] [ презентация pdf ]

4. Семинар 2

11 октября 2018, Александр Злобин, Валентина Маслова, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин

Какое из заданий 2 или 3 делать выбирайте. Deadline общий на две недели.

[ конспект семинара ] [ заметки из архива ] [ Иллюстрации ]

[ Задание 2. Кристалл (взаимодействия белка с субъединицами из соседних ячеек кристалла) ]

[ Задание 3. Фурье (восстановление координат атомов по зашумленным амплитудам и фазам в одномерной модели) ]

[ Разрешение неполного набора гармоник ]

5. Лекция 3

16 октября 2019, В.Ю. Лунин

[ презентация pptx ] [ презентация pdf ] Поправил (с опозданием:( ААл )

6. Семинар 3. Кристалл. Синтез "экспериментальной" ЭП. Методы решения фазовой проблемы

18 октября 2018, Александр Злобин, Валентина Маслова, А.В. Алексеевский, С.А.Спирин

[ конспект семинара ] [ Иллюстрации ]

7. Лекция. Основные сведения о ЯМР расшифровках структур белков

23 октября 2019, С.А. Спирин

[ презентация ]

8. Лекция. Оценка качества РСА расшифровки структуры. Поиск ошибок.

25 октября 2019, В. Маслова

[составить отчёт по качеству РСА расшифровки структуры белка]

[ презентация ]

9. Консультация по коллоквиуму

30 октября 2019, все

10. Коллоквиум

1 ноября 2019, все

Программа

Блок 2. Алгоритмы в 3D

11. Лекция. Алгоритмы выделения элементов вторичной структуры

6 ноября 2019, А. Злобин

[ презентация ]

12. Лекция. Поверхность макромолекул

8 ноября 2019, А. Злобин

[ презентация ]

13. Лекция. Гидрофобное ядро. Домены

13 ноября 2019, А. Злобин

[ презентация ]

14. Лекция. Классификации укладок

15 ноября 2019, А. Злобин

[ презентация ]

15. Лекция. Пространственное совмещение

15 ноября 2019, А. Злобин

[ презентация ]

Блок 3. Журнальный клуб

[Правила] В рамках обозначенной темы студент СВОБОДЕН в содержании и построении доклада; не обязательно использовать все предлагаемые статьи - можно сузить тему и выбрать одну или несколько из них на свой вкус; можно вообще использовать только какие-то другие в рамках темы. ГЛАВНОЕ: доклад должен быть понятен и интересен себе любимому; другим студентам и преподавателям

[Темы (in progress)]

Выбрав тему доклада или оппонирования, а также желаемую дату выступления, записывайтесь самостоятельно: темы и расписание открыты студентам на запись. Выбирайте ближайшую подходящую дату (иначе мы не уложимся в расписание). Преподаватели должны утвердить распиcание (и тему) во избежание конфликтов.

Презентации, полученные на данный момент, лежат в /P/y16/term7/JournalClub

Вопросы на экзамен

В билете на экзамене 2 вопроса – по основной программе и по журнальному клубу.

Основная программа

1. Водородные связи, способы нахождения. Вторичная структура, ее типы, свойства типов. Способы выделения элементов вторичной структуры на примере DSSP и Stride (можно рассказать и о других концептуальных подходах со ссылкой на соответствующую статью).

2. Гидрофобный эффект, гидрофобные ядра, их свойства и функции. Какие остатки/группы могут образовывать гидрофобные ядра. Нахождение ядер - алгоритм Свинделлса, алгоритм (k,l)-разрезов

3. Домены, способы определения. Структурные домены и их свойства. Взаимодействия, определяющие третичную структуру белка; остатки, вступающие в такие взаимодействия.

4. Принципы алгоритмического выделения структурных доменов. Алгоритмы DOMAK и DETECTIVE (можно рассказать и о других концептуальных подходах со ссылкой на соответствующую статью).

5. Поверхность макромолекулы. Типы, применение. Доступность остатков растворителю. Вычисление площади поверхности.

6. Постановка задачи совмещения структур при заданном выравнивании. Меры сходства. Алгоритм Сиппла –- Стегбухнера.

7. Постановка задачи пространственного выравнивания (без заданного выравнивания последовательностей). Алгоритм PDBeFold или CE. Меры качества выравнивания в алгоритмах PDBeFold и DALI.

8. Структурные классификации SCOP и CATH. Уровни классификации. Архитектура и топология.

Темы журнального клуба

Везде требуется знание общих принципов, концепций, подходов; сами исследования из статей с журнального клуба пересказывать не нужно.

1. Rosetta - что такое, идея в основе, как применяется. Foldit

2. CASP (что это такое, цели, успехи)

3. Коэволюция остатков - причины и применение. Как расположены коэволюционирующие остатки в структуре?

4. Метод восстановления предковых последовательностей (ancestral reconstruction). Особенности структур древних белков. Применение.

5. CryoEM - что такое, сильные стороны, успешные примеры применения

6. Соотношение пространства укладок и пространства функций. Взгляды на эволюционное появление специализированных ферментов. Связь эволюционируемости и подвижности.

7. Фолдинг. Стабильность структуры белка. Сколько замен могут изменить фолд? Белки с несколькими структурами, свойства, функции. Белки без постоянной структуры.

8. Задачи дизайна - какие есть, какие удается решить, с какими возникают проблемы (почему?).

---