2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Построение и анализ поверхностей в PyMOL
- В банке PDB найдите структуру биомолекулы, полученную методом ЯМР и содержащую, как минимум, 2 цепи и от 10 до 50 моделей.
- Постройте изображение молекулярной поверхности для полной структуры биомолекул(ы) на фоне cartoon модели биомолекулы.
Для каждой модели вычислите значение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя (если работаете в PyMol, то команда расчета площади - get_area, переключение с молекулярной поверхности на SAS - set dot_solvent, 0 и set dot_solvent, 1 соответственно). Постройте график и прокомментируйте полученные значения. Что может означать увеличение/уменьшение значений?
Выделите остатки, отвечающие за межцепочечные контакты. На основе выделенных остатков постройте фрагменты поверхностей межцепочечных контактов и выделите их различными цветами. Обратите внимание на особенности генерации поверхностей в PyMOL (попробуйте разделить цепи на объекты (extract) и сравните результат до и после).