2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Умение: восстановить кристалл из PDB файла
В чем challenge Белковый кристалл поддерживается взаимодействия субъединиц белков (и др. молекул). Эти взаимодействия могут быть природными — реализующимися in vivo или in vitro — или случайными. Для различения надо уметь эти контакты визуализировать.
Технические подсказки см. здесь.
1. Опишите взаимодействия "своего" белка с субъединицами из соседних ячеек
В отчете приведите:
изображение части кристалла — содержимого ячейки из PDB файла и ряда соседних ячеек; постарайтесь, чтобы была видна структура кристалла из белков, а не мелкие детали. (challenge: добейтесь красивого изображения кристалла, так, чтобы можно было включить в презентацию Лунина :)
- опишите контакты вашего белка с белками из соседних ячеек; сколько их. По возможности, проиллюстрируйте их.
- создайте иллюстративное изображение одной зоны контакта. Отражает ли этот контакт в кристалле природные взаимодействия этих белков при ди- или олигомеризации?
2. Объясните странное расположение белковых цепей белка или странную ДНК в структуре ДНК-белкового комплекса
- Выберите одну их структур: 3hdd ( белковая цепь "на краю" ДНК) или 1mnm (конец альфа-спирали, уходящий вдаль).
- Восстановите ячейки, соседние со "странностью".
- В отчете объясните странности, обоснуйте объяснение рисунком.
Можно взять и PDB file 1QPI или 5HP4.