Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2015

• ...

Используйте ваш PDB файл, выбранный согласно требованиям.

Изучите файл структурных факторов

1. Скачайте файл и сохраните в формате Excel

Колонки: h, k, l, status (если есть), F, sigmaF

Файл структурных факторов скачивается из PDB. Для pdb кодов, известных серверу EDS, он должен присутствовать в PDB. Файл так и называется "Structure factors". Он текстовый, в формате mmCIF

2. Рассчитайте процент "хороших" структурных факторов (имеющих силу сигнала больше 3)

Условно, измерение структурного фактора считается хорошим, если его значение в три раза или больше превосходит среднее квадратичное (sigmaF) нескольких его измерений

В файл Excel добавьте колонку "сила сигнала"

3. Приведите пять примеров "пропущенных" троек h,k,l

Тройка точно пропущена, если ее нет среди измеренных структурных факторов,но есть измеренный структурный фактор (h',k', l') с h'≥h, k'≥k, l'≥l.

Примечание С.А.С.: на самом деле не точно. Во-первых, всегда есть нижняя граница разрешения (рефлексы, попадающие на заглушку). Во-вторых, бывают исключения, связанные с симметрией кристалла. Например, могут быть приведены значения только для чётных l при данных h и k, это на самом деле не значит, что нечётные пропущены.

В отчёт включите:

• ссылку на файл со структурными факторами (Excel табл) с колонкой "сила сигнала";

• число структурных факторов и процент тех, у которых сила сигнала F/sigma ≥ 3;

• если есть колонка _refln.status, то число структурных факторов, использованных для оптимизации модели (это те, что в колонке стоит "o").

В mmCIF формате:

• данные об измеренных структурных факторах начинаются со строки "loop_";
• ниже построчно идут названия колонок;
• ниже идут строки с измерениями:
  • одна строка — один измеренный структурный фактор; в ней обязательно есть следующие данные:

    • целые числа h, k, l — три колонки _refln.index_h _refln.index_k _refln.index_l;

    • F — среднее значение измерений структурного фактора _refln.F_meas_au ;

    • F_sigma — ср. кв. отклонение от среднего _refln.F_meas_sigma_au .

  • могут быть и другие колонки:
    • _refln.status — использован ли структурный фактор для оптимизации модели;
    • _refln.F_calc — структурный фактор, рассчитанный по модели;
    • _refln.phase_calc — фаза, рассчитанная по модели.