2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Сравните три водородные связи в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА
Выберите один из белков, для которого есть и ЯМР, и РСА структура. См. страницу сайта PDB со списком структур, расшифрованных разными методами. Можно взять пример и из таблицы из статьи 2010 года.
- ЯМР структура должна иметь не менее 10 моделей.
- Проверьте, что укладки структур ЯМР и РСА сходны; редкие случаи совсем разных структур из-за глобально неправильной расшифровки одним из методов или разной структуры белка в растворе и кристалле не берите.
- Выберите водородные связи для анализа в РСА:
- остовную в ядре белка, в альфа-спирали или бета-листе;
- водородную связь боковых цепей в ядре белка;
- водородную связь в петлях, выходящих на поверхность глобулы.
Будем считать, что между донором протона и акцептором есть водородная связь, если расстояние между ними меньше 3,5 Å. Условие на углы проверьте визуально: воображаемый водород должен быть на линии донор-акцептор или не сильно отклоняться от этой линии (угол между направлениями донор-акцептор и донор-водород не более 70°, то же для угла между направлениями акцептор-донор и акцептор-водород).
- В отчете приведите:
- PDB коды, название белка, разрешение РСА, число моделей ЯМР;
- номера и типы остатков, между какими атомами водородная связь, каким элементам вторичной структуры принадлежат остатки, находятся ли они внутри глобулы или на ее поверхности;
- табличку расстояний между донорами и акцепторами с колонками:
- расстояние в РСА,
- в каком числе (и проценте) моделей ЯМР есть водородная связь,
- минимальное, максимальное и медианное значение расстояния в ЯМР (по всем моделям, не только по тем, где есть связь);
- Ваши выводы и рисунок(-ки) подтверждающие выводы.
(*) ДОПОЛНИТЕЛЬНО можно
Сравнить ваши выводы с выводами в статье Sikic et al., 2010
Совместить РСА структуру с моделями ЯМР с помощью сервиса PDBeFold. С помощью совмещения можно получить впечатление о том, какие части РСА расшифровки действительно стабильны в белке в растворе, а какие стабильны в кристалле — раз их удалось расшифровать методом РСА — но, вероятно, подвижны в растворе.