2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Определение вторичной структуры
Определите вторичную структуру одного из белков (своего, например; но: в белке должна быть хотя бы одна альфа-спираль и хотя бы один бета-лист) с помощью одной из программ: DSSP или Stride.
- сохраните выдачу программы и поставьте на нее ссылку со своей веб-страницы.
сравните границы четырёх элементов вторичной структуры (лучше всего — двух тяжей и двух спиралей), полученные программой, с границами, приведенными в заголовке PDB файла; (внимательно относитесь к тому, где какая нумерация используется!)
- (*) найдите и опишите редкие элементы: мостики, пере- или недокрученные спирали, ...
- (*) найдите и примените веб-сервис или программу, отличную от DSSP/Stride. Сравните аннотацию с DSSP/Stride. Есть ли качественно разные результаты? Как вы думаете, почему так вышло?
Обе программы стоят на kodomo, DSSP называется mkdssp. Можно также найти сервисы в интернет.