Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2016

((( Сервисы поменялись по сравнению с прошлым годом. Проверил сервисы и написал комментарии.

}}}

Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры "своего" белка

РСА – это рентгеноструктурный анализ

Указания

[Сервисы]

Оформление отчёта

  1. Файл с отчетом должен быть доступен по ссылке с веб-страницы.

  2. Рекомендуемый формат – pdf. Можно и .doc или .odt

  3. Следует придерживаться правил оформления статей

    • Должен быть связный текст, понятный любому компетентному читателю. Нагромождение больших таблиц, полученных с серверов, недопустимо!

    • Нужны название, автор, аннотация, введение, разделы с заголовками, рисунки (с подписями снизу), таблицы (с названиями сверху), ссылки на литературу.

      • Аннотация – пара фраз о том, что сделано в отчете.
      • Введение – очень коротко о самом белке и о цели расшифровки структуры со ссылками на публикацию (публикации).
      • Результаты и обсуждение – о собственной работе. Ваша работа в данном случае состоит в извлечении информации из разных источников, ее систематизации, проверке и интерпретации. Указывайте ссылки на источники.

      • Заключение – пара фраз с вашей оценкой качества расшифровки структуры.

      • Если захотите – раздел "Благодарности".
      • Список литературы, включающий ссылки на статьи, веб-сервисы и программы

Содержание отчёта

  1. Общая информация о модели

    • состав комплекса;
    • год;
    • авторы;
    • статья, если есть;
    • метод решения фазовой проблемы;
    • число измеренных рефлексов (см. в файле структурных факторов);
    • разрешение, полноту набора структурных факторов, диапазон разрешений структурных факторов (указан на странице EDS);
    • параметры кристаллографической ячейки и кристаллографическая группа
    • наличие некристаллографических симметрий в асимметрической ячейке.

  2. Значения индикаторов качества модели в целом

    • R-фактор и R_free;
    • Карта Рамачандрана (число/процент маргинальных остатков, рисунок)
    • средние значения других индикаторов (%не ротамеров, и др., смысл которых вам ясен! ).

  3. Таблица со списком нескольких (не более 15!) маргинальных остатков с указанием показателя, по которому они отобраны. Следует смотреть на остатки:

    • из запрещенной области карты Рамачандрана;
    • с неблагоприятной конформацией боковых цепей;
    • с худшими значениями RSR факторов;
    • с неблагоприятным окружением:
      • His, Asn, Gln с подозрением на необходимость инверсии боковой цепи (из PDBreport);
      • остатки, в которых полярные атомы (а) не образуют водородных связей и при этом (б) не выходят на поверхность белка;
      • молекулы растворителя (воды), не фиксированные водородными связями (в том числе с молекулами из соседних ячеек!)
      • остатки, находящиеся в cis (или и не trans, и не cis) конформации;
      • могут быть приведены и другие маргиналы (с объяснением).

  4. Анализ 5 маргинальных остатков и/или гетеромолекул (воды, ионов, лигандов). Наибольшее подозрение вызывают остатки, маргинальные по нескольким параметрам. Для каждого из этих остатков

    • укажите значения основных показателей маргинальности
    • продемонстрируйте с помощью рисунка почему считается, что он – маргинал
    • сделайте и обоснуйте вывод: ошибка расшифровки или особенность

  5. Сравнение модели из PDB с моделью из PDB_redo.

    • Вы решаете, как сравнивать, о чем написать и в каком объёме.