Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017
Практикум 1. Подсказки
Общие замечания по сдаче заданий в курсе биоинформатики
Задания в семестре делится на несколько блоков. 1й семестр делится на 4е блока.
Зачет за семестр проставляется при получении зачета по всем 4м блокам.
Чтобы получить зачет блока нужно выполнить все обязательные задания и получить зачёт за устный ответ на коллоквиуме (если таковой предусмотрен)
Выполненные дополнительных задания проверяются и оцениваются. Оценка входит в рейтинг.
В задании указывается где должны быть сохранены результаты. Варианты:
- на Вашей персональной веб-странице на kodomo
в директории credits соответствующего блока; в этом случае имя файла должно начинаться с Вашей фамилии латинскими буквами (например: Dibrova_pr1.docx, Dibrova_myprotein.fasta, Dibrova_credit1.txt и т.п.); строго следуйте указаниям в задании относительно имени файла. При ошибке файл может не быть найден программами, собирающими результаты для проверки.
- в специальных google формах
Задания можно выполнять/доделывать в часы работы компьютерного класса или дома.
В задании указывается строгий deadline - работа оценивается из максимальных баллов, и мягкий - работа штрафуется на 0.5 баллов за опоздание.
Датой выполнения считается дата сообщения о записи в очередь на проверку.
Работы, сданные после мягкого deadline, проверяяются в зачётную сессию
Подсказки к заданиям
Чтобы завести учетную запись на сервере kodomo необходимо:
- Включить компьютер, нажав кнопку питания на системном блоке
- Включить монитор (если он выключен)
Подождать появления предложения нажать <Ctrl+Alt+Del>
Нажать сочетание клавиш <Ctrl+Alt+Del> для входа в систему
Войти в доменную систему под пользователем Class
Набрать <Class> в поле <User>
Набрать <Class> в поле <Password>
Нажать клавишу <Enter>
Открыть браузер (Google Chrome, Mozilla Firefox, Opera, ...) и зайти на главную страницу сервера kodomo: http://kodomo.fbb.msu.ru
Перейти по ссылке Зарегистрироваться
В поле username необходимо ввести Ваше пользовательское имя (логин), используя только строчные латинские буквы, цифры, символы "." и "_". Оно же автоматически станет Вашим официальным почтовым ящиком на сервере факультета (username@fbb.msu.ru).
- Настоятельно рекомендуется в качестве Вашего логина использовать что-то осмысленное! Также рекомендуется использовать достаточно короткий логин (примерно 5-10 символов), т.к. его Вам часто придется вводить
В поля password и confirm_password ввести придуманный Вами пароль
ПОЛЬЗОВАТЕЛЬСКОЕ ИМЯ И ПАРОЛЬ НАДО ЗАПОМНИТЬ!!!
В поля first_name, patronym и last_name нужно ввести свои имя, отчество и фамилию соответственно (латинскими буквами, с заглавной буквы)
Нажать <OK>
Чтобы перезайти в доменную систему уже под своим пользовательским именем необходимо:
Выйти из пользователя Class: <Start> -> <Shut Down>; в выпадающем меню выбрать <Log Off Class>
- Войти в доменную систему под своим пользователем (используя свои пользовательское имя и пароль):
Подождать появления предложения нажать <Ctrl+Alt+Del>
Нажать сочетание клавиш <Ctrl+Alt+Del> для входа в систему
Проверить, что в меню <Log on to> выбрано <Computer Class>. Выбрать <Computer Class>, если выбрано что-то другое.
- Ввести свои пользовательское имя и пароль.
Нажать клавишу <Enter>
ВНИМАНИЕ!!! На заданный системой вопрос о временном пароле необходимо нажать <No>
Чтобы отправить письмо нескольким адресатам одновременно нужно указать их почтовые адреса через запятую и пробел в поле "Кому".
Если система говорит, что у Вас нет прав на просмотр страницы, то нужно залогинеться на сервер kodomo: т.е. нажать в правом меню <Login> или <Войти>, ввести свои пользовательское имя и пароль и нажать <Войти>.
Чтобы создать свою рабочую директорию для текущего занятия можно воспользоваться специальной программой - файловым менеджером:
Запустить программу Far Manager 3 (<Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Far> -> <Far Manager 3>). Инструкция по FAR
Перейти в директорию, в которой хотим создать новую директорию (<Alt>+<F1> для смены диска; стрелочки вниз и вверх, <Enter> для перехода по директориям). В данном случае: <Alt>+<F1>, стрелочками вниз (вверх) до строки "H: network", <Enter>
<F7>, ввести имя директории (в данном случае "term1"), <Enter>
Еще раз <Enter>, чтобы войти в созданную директорию (нажатие клавиши <Enter> по строке ".." вернет Вас ну уровень выше)
- Аналогично для других директорий (поддиректорий)
Чтобы создать файл в формате doc (docx) в заданной директории нужно:
Открыть программу для работы с данным типом файлов (в данном случае MS Word: <Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Microsoft Office> -> <Microsoft Office Word 2007>)
Нажать большую круглую кнопку в левом верхнем углу окна MS Word -> <Save As>
- Выбрать заданную директорию, в которую будет сохранен файл
- Ввести будущее имя файла без расширения
- Проверить формат сохраняемого файла: "Save as type"
Нажать <Save>
- Теперь файл сохранен с нужным именем в заданной директории и в него можно вносить какую-либо информацию!
- Чтобы скопировать файл из директории_А в директорию_Б нужно:
Запустить программу Far Manager 3 (<Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Far> -> <Far Manager 3>)
В правой панели перейти в директорию_Б, в которую хотим скопировать файл (<Alt>+<F2> для смены диска; стрелочки вниз и вверх, <Enter> для перехода по директориям, <TAB> для перевода курсора из левой панели в правую и наоборот)
В левой панели перейти в директорию_А, из которой хотим скопировать файл (<Alt>+<F1> для смены диска; стрелочки вниз и вверх, <Enter> для перехода по директориям)
- Вернуть курсор на файл, который хотим скопировать (в левой панели)
<F5>, <Enter>
- Готово!
Чтобы получить инструкции, как открывать вашу почту через другую почтовую программу (например, Outlook), напишите письмо с просьбой на адрес aozalevsky@fbb.msu.ru.
Общие подсказки
Как включать компьютер:
- Нажать кнопку включения питания на системном блоке
- Включить монитор (если он выключен)
Подождать появления предложения нажать <Ctrl+Alt+Del>
Нажать сочетание клавиш <Ctrl+Alt+Del> для входа в систему
Вход в локальный компьютер, Вход в доменную систему под пользователем Class
Набрать <Class> в поле <User>
Набрать <Class> в поле <Password>
Нажать клавишу <Enter>
Вход в доменную систему (пользуясь своей учетной записью)
В меню <Log on to> выбрать <Computer Class>
- Указать свои пользовательское имя и пароль и войти (ваши данные и настройки загружаются с сервера kodomo).
Как выключать компьютер:
- Закрыть все приложения
Нажать кнопки <Start> -> <Shut Down>
Дождаться появления окошка "Shut Down Windows"
Проверить, что в выпадающем меню выбрано "Shut Down". Если нет, то выбрать
Нажать кнопку <OK>
- Подождать, пока монитор потухнет (что означает, что системный блок автоматически выключился)
Как открыть файл с расширением fasta?
Откройте его с помощью Word или WordPad:
Щелчок правой кнопкой мыши по файлу (<ПКМ>) -> <X64> -> <Open With>
- Если в списке уже есть нужный редактор, то выбрать его. Если нет, то:
<Choose Program...>
Снять галочку <Always use the selected program ...>, если она есть
Выбрать нужный редактор в списке (например, Microsoft Office Word)
Нажать `<OK>'
- Другой, более грамотный, способ:
Запустить программу Far Manager 3 (<Start> -> <All Programs> -> <Base> -> <Far> -> <Far Manager 3>). Инструкция по FAR
Перейти в директорию, содержащую интересный нам файл (<Alt>+<F1> для смены диска; стрелочки вниз и вверх, <Enter> для перехода по директориям)
- Встать курсором (горизонтальная линия болотного цвета) на интересный нам файл
<F3> и <ESC> для просмотра и выхода из просмотрщика соответственно
Как найти файл (в том числе программу) по имени, дате последней модификации, расширению, размеру, слову внутри файла:
Нажать кнопки <Start> -> <Search> -> <All files and folders>.
- В появившемся диалоговом окне можно задать разные типы условий:
- на имена файлов и директорий (допускается использование знака “*”, заменяющего одну или несколько букв); на слово или фразу, встречающуюся в самом файле; на дату создания или модификации; на размер файла; на тип файла.
Нажать <Search>
Как зарегистрироваться на сервере kodomo:
Пользуясь интернет-браузером (например, Chrome) зайти на сайт http://kodomo.fbb.msu.ru
Пройти по ссылке <Зарегистрироваться>
Заполнить форму и нажать <Enter>
Если все прошло удачно, то Вы зарегистрированы на сервере kodomo как студент 1 курса ФББ. Вы можете пользоваться интернет-почтой https://kodomo.fbb.msu.ru/mail/ и заходить на сервер kodomo под своим пользовательским именем и со своим паролем как из компьютерного класса, так и с удаленного компьютера.
Как настроить почтовый ящик на kodomo:
Зайти на сайт https://kodomo.fbb.msu.ru/mail/; можно зайти по ссылке <Почта> со страницы http://kodomo.fbb.msu.ru
Пройти по ссылке <Settings>
Пройти по ссылке <Folders> (верхнее меню)
Вернуться в почтовый ящик по ссылке <E-mail>.
Проверить, что все получилось т.е. созданы папки специального назначения, перейдя по ссылке <Settings> и выбрав в левом меню <Special folders>