Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Семестр 1

Расписание

Результаты Только для студентов и преподавателей

записаться в очередь на проверку

Список записавшихся в очередь на проверку


Новости

30 ноября

В подсказки к пр 12 внесено добавление по нахождению нужной информации про геном бактерии или археи (задание 2)

ААл

9 ноября

Работают тесты для 9-го практикума

ПДД

6 ноября

Коллеги, внимательно читайте условия задач:

1) Если сказано, что программа должна принимать аргументы из командной строки — значит планируется, что она должна запускаться
python your_program.py arg1 arg2 ...

2) Если нет особых указаний (необходимость пояснения, что программа выводит, запроса у пользователя что-то вывести и тд), то программа должна выводить четко то, что указано в условии. Если она должна выводить "Prime", то она должна выводить именно это, выводы "prime", "prime.", "Number is prime" валидными не считаются.

Это важно, т.к проверяющая программа полагается на условие, которое написано в задании, и не может предугадать всех возможных способов вывода вами решения.

В заданиях, где надо использовать raw_input, ввод пользователя должен происходить на новой строке, то есть либо:
print "Input number"
number = raw_input()

либо
number = raw_input("Input number\n")

Сам raw_input перенос строки не выполняет.

Если у вас при выполнении предыдущих условий тесты все равно не проходятся, то пишите в телеграме/на почту, прикрепляя ссылку на testlog файл/скрин возникшей проблемы.

3 ноября

Коллеги! Решение ваших задач по Python можно проверить с помощью онлайн-сервиса, расположенного на mouse.belozersky.msu.ru .

Пример адреса проверочного сервиса для задания hypotenuse:

http://mouse.belozersky.msu.ru/~penzar/cgi-bin/fbbtesting_cgi/fbbtesting_cgi/test/hypotenuse

Для других заданий надо заменить "hypotenuse" на соответствующую мнемонику.

Вы увидите результаты тестирования на одном наборе тестов (public-тестах), итоговые баллы будут проставлены за сгенерированных таким же образом, но отличных private-тестах.

Сами public-тесты можно посмотреть по ссылке:

http://mouse.belozersky.msu.ru/~penzar/cgi-bin/fbbtesting_cgi/fbbtesting_cgi/downloads/public_tests/

ПДД

Блок 1: Файловая система. FAR. Геном как файл.

1. Знакомство. Что такое биоинформатика?

8 сентября

А. Залевский, А. Алексеевский, и другие

[презентация-AAl] [презентация-AZ] [задания] [подсказки]

2. Внутренности компьютера. Организация работы в компьютерном классе.

15 сентября

А. Залевский, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки]

3. Программа Far Manager. Знакомство с геномом.

22 сентября

С. Спирин, Д. Диброва, А. Алексеевский, А. Ершова

[задания] [подсказки] [вирус]

На занятиях 6, 13 и 20 октября принимаем зачёт по Far manager. Список того, что необходимо уметь, см. на диске P:

P:\y17\term1\FarMinimum.docx в компьютерном классе, /P/y17/term1/FarMinimum.docx при входе через NetBox.

Блок 2: Создание учебной веб-страницы

[список тэгов HTML]

4. HTML: базовые знания

29 сентября

Д. Диброва, С. Спирин, А. Алексеевский

[задания] [советы и рекомендации] [про кодировку]

5. HTML: продолжение. Знакомство со своим белком.

6 октября

Д. Диброва, С. Спирин

[задания] [белок]

6. Каскадные стилевые таблицы (CSS). Геномный браузер.

13 октября

Д. Диброва, С. Спирин

[задания] [геномный браузер]

Блок 3: введение в программирование на Python

9 ноября

Закрыть незакрытый вовремя практикум можно только на зачете путем решения задач из некого списка, который мы составим.

Задачи будут на разные баллы, но нужно будет по каждому практикуму набрать больше порога. Баллы между практикумами переноситься не будут. То есть если вы не закроете 5 практикумов - придется решать минимум 5 задач. В этом плане сделать хоть что-то, чем не сделать ничего - если вы решили достаточную часть задач, пусть и недобрав до зачетного балла, вам надо будет решить по каждому несданному практикуму одну задачу, подтверждающую, что вы свои ошибки поняли. Если же вы ничего не делали в течении блока - придется по каждому практикуму набирать с 0 зачетный балл, что грустно.

13 ноября

Уже несколько человек пожаловались, что pylint им пишет, что ‘_’ - плохая переменная/неиспользуемая. Видимо, это глюк pylint, ибо в описании, которое ему говорится принимать, есть строка про то, что ругаться на ‘_’ нельзя. Не обращайте на это внимание - это чуть снижает балл на pylint, а для code style все же требование если не быть идеальным, то хотя бы просто читаемым и адекватным. Будем считать, что score не менее 5 - адекватно. Перепроверяется это мной, потому никого не засудит.

ПДД

7. Переменные, простейшие операции

20 октября

С. Спирин, Д. Пензар

[задания] [советы и подсказки]

8. Строки, списки, циклы, условия

27 октября

С. Спирин, Д. Пензар

[задания] [советы и подсказки]

9. Модули, словари

3 ноября

C aacomp возник вопрос - есть куча символов, которые могут быть в fasta-file. Я прошу выводить те, которые встретились в последовательности. Именно в последовательности никакого мусора не будет - ни цифр, ни плюсиков, ничего прочего. В именах это может быть, но имена и так надо игнорить. Прошу прощения за неясность в условии

Выводить надо только то, что встретилось. Если аланина не было - значит не выводите. Если встретился X (это значит - любая аминокислота), значит его и выводите

И тесты, на которых вы падаете, можно и нужно смотреть. На то они и public

Д. Пензар, С. Спирин

[задания] [советы и подсказки]

10. Функции и модули. Исключения. Работа с сетью

10 ноября

Д. Пензар, С. Спирин

[задания] [советы и подсказки]

11. Контрольная работа. Регулярные выражения.

17 ноября

С. Спирин, Д. Пензар

[задания] [советы и подсказки]

Блок 4: Excel — интерактивная обработка массовых данных и представление результатов

12. Основы Excel: лист, таблица, ячейка, адрес, функция

24 нояб.

А.Алексеевский, И.Русинов

[презентация] [задания] [подсказки]

13. Excel: методы обработки и представления данных

1 дек.

А.Алексеевский, И.Русинов

[презентация] [задания] [советы и рекомендации]

14. Гены и геномы. Оформление мини-обзора по геному своей бактерии или археи

8 дек.

А.Алексеевский, И.Русинов

[статья, которая демонстрировалась на занятии] [задания] [подсказки]

Для получения текста статьи в формате .pdf пройдите по ссылке и нажмите PDF

Образцы оформления мини-обзора: [ Bioinformatics ] [ JBCB ]

15. Что-нибудь придумаем :(

15 дек.

А.Алексеевский, И.Русинов, А.Жарикова, С.Спирин

В частности, можно будет переписать обе контрольные по Python

22 декабря — зачёт!