2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
2015
Напишите мини-обзор генома вашей бактерии или археи
Формат
- Мини-обзор на русском языке в формате .pdf должен быть доступен по ссылке с веб-страницы "Excel".
- Форматирование должно соответствовать требованиям журнала. Выбор журнала - за вами.
- Мини-обзор должен включать, как минимум, один рисунок (гистограмма - рисунок) и одну таблицу.
- Все результаты должны быть получены и представлены с помощью средств Excel (или аналогов). Использование скриптов на python тоже возможно.
- Должен быть раздел или подраздел "Сопроводительные материалы", содержащий ссылку на ваш Excel файл
Обязательные результаты для включения в мини-обзор
- Число генов белков и генов РНК по категориям. Для белков категории - рибосомальные (ribosomal), транспортные (transporter или transport protein), гипотетические (hypothetical), все остальные. Для РНК - транспортные (tRNA), рибосомальные (rRNA), все остальные. Примерная оценка числа генов на 1 млн пар нуклеотидов (п.н.).
- Гистограмма длин белков из протеома своей бактерии или археи.
- Таблица числа генов белков, псевдогенов и генов РНК на прямой и комплементарной цепочках ДНК.
Дополнительные (не обязательные для включения в отчет) результаты
- Проверьте гипотезу о том, что гены распределены по цепочкам случайно с вероятностями 0,5.
- Посчитайте, сколько "квазиоперонов" в геноме вашей бактерии или археи.
- Представьте статистические данные о пересечениях генов (если таковые обнаружатся).
- (Самое важное и трудное) Представьте статистику белков по категориям достоверности их существования.
Содержание отчета
Заголовок (Title) Придумайте сами. Например, "Обзор протеома бактерии ..."
Автор - это Вы
Резюме (Abstract) Краткое описание работы. Должно быть написано так, чтобы было более менее понятно, что, для чего и как вы делали, и что получилось.
Ключевые слова 3 - 6 слов, не более.
Введение (Introduction) Задача данного раздела – ввести читателя в курс дела и объяснить, для чего была сделана работа. Объяснение типа "Нам задали написать обзор" - не то, что требуется.
В этом разделе стоит написать коротко что известно про бактерию и/или про ее геном, обязательно со ссылками на источники! В конце введения нужно написать одну-две фразы о том, что сделано в вашей работе.
Материалы и методы (Materials and methods) Описание использованных инструментов, источников исходных данных и другая информация, необходимая для воспроизведения результатов. Напишите, какие строчки табл считали генами белков, какие - псевдогенами и др., см. подсказки
В вашем случае надо написать, откуда скачивали исходные файлы, привести адрес скачанного файла. Упомянуть что пользовались Excel, если другими программами или написали свой скрипт, то укажите это.
Все очень коротко.
Результаты (Results) Понятное описание ваших результатов. Понятное - значит, состоит из фраз русского языка. Нельзя написать "Геном - 4123500п.н., генов - 3021, РНК -63" так как это не фраза, читатель ничего не поймет :(. Результаты нужно разделить на подразделы. Например, Гистограмма длин белков и др. Результаты лучше всего представлять в виде таблиц и рисунков. Однако в тексте отчета обязаны быть ссылки на каждую таблицу и каждый рисунок. Например, такие "Как видно на Рис.2, в геноме бактериии чаще всего встречаются белки из 700-800 аминокислотных остатков."
Обсуждение (Discussion) Обсуждение полученных результатов, того, как они вписываются в картину мира. Часто раздел содержит гипотезы и теории автора, которые они предлагают для объяснения результатов.
Вам, конечно, нужно обсудить, какие выводы вы можете сделать из таблиц и гистограмм. Напишите, белки какой длины встречаются чаще всего. Опишите особенности распределения белков по длинам, которые показались вам интересными/удивительными/странными. Ваши суждения об распределении генов по цепям ДНК. Все, что найдете интересного!
Допустимый вариант - объединить разделы Результаты и Обсуждение в один Результаты и обсуждение. Так иногда поступают в статьях в научных журналах.
Заключение (Conclusion) Краткое заключение. Можете опустить, если что-то похожее есть в конце обсуждения.
Сопроводительные материалы (Supplementary materials) Ссылка на файл .xls(x), в котором приведены все расчеты. Оформление файла должно быть понятно читателям!
Благодарности (Acknowledgments) Обычно благодарят тех, кто помогал в работе, в подготовке публикации, или спонсировал исследования.
Конфликт интересов Можете опустить :)
Список литературы (References) Список ссылок на статьи, книги, сайты и др., которые были использованы (упоминались) в тексте.