2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016Практикум 3. Задания
Результатами выполнения данного задания является:
- Создание директории для текущего практикума (задание 1)
Создание директории credits и размещение в ней двух файлов: файла <Familiya>_secret.txt с указанными в задании правами доступа (задание 2) и файла <Familiya>_virus_pr3.fasta в формате FASTA с геномом выданного вируса.
Заполнение формы для выданного вам генома вируса (задание 5)
Настройте Far Manager для удобной работы (см. подсказки).
- Вынесите на рабочий стол ярлык для Far Manager.
- Измените следующие настройки:
- размер окна Far Manager и (если хочется) размер шрифта;
После этого отложите мышку в сторону и используйте только клавиатуру!
начальные директории (одна – "H:\"; другая – "P:\y17\term1");
Назначьте сочетание клавиш <правый-Ctrl+1> для перехода в директорию H:\term1\block1 вашей домашней директории (на диске H).
- Сохраните настройки. Проверьте, что настройки сохраняются при закрытии и открытии Far Manager!
Создайте средствами Far Manager поддиректории pr3 и credits директории H:\term1\block1 (это будут ваша рабочая директория на это занятие и директория для отчетных файлов, соответственно). Позовите преподавателя и продемонстрируйте результат.
Пользуясь NetBox, зайдите на сервер kodomo(kodomo.fbb.msu.ru) по протоколу sftp (см. подсказки, последний пункт). Используйте стандартный порт 22 и ваши логин и пароль.
В директории pr3 создайте файл с названием Familiya_secret.txt (где Familiya – Ваша фамилия на английском языке). Права доступа к этому файлу должны запрещать доступ на чтение (и запись, конечно) к нему членам вашей рабочей группы (т.е. студентам одного с вами курса), но разрешать его всем остальным. В этом файле должно быть записано ровно одно слово, состоящее из английских букв и цифр (можно использовать также точку, дефис и подчёркивание); в точности это слово вы должны будете внести в форму ответа.
В таблице найдите вирус, с геномом которого вы будет работать. Пользуясь NetBox, зайдите на ftp-сервер NCBI (ftp.ncbi.nlm.nih.gov) по протоколу ftp. Войдите в директорию genomes, поддиректорию Viruses и там найдите директорию с геномом своего вируса (см. подсказки, последний пункт). Рассмотрите список файлов, найдите файлы с расширением "gbk" (это файлы формата GenBank) и их размер в байтах. Самый большой из этих файлов скопируйте в свою рабочую директорию. Скопированный файл откройте в редакторе и найдите раздел, в котором содержится последовательность нуклеотидов этого генома (или участка генома).
Создайте в своей рабочей директории текстовый файл в fasta-формате Familiya_virus_pr3.fasta, содержащий последовательность этого генома (или участка). В этом файле название последовательности (см. в подсказках про формат fasta) должно совпадать с именем исходного GenBank-файла без расширения. Описание последовательности не обязательно, но всё же попробуйте найти подходящие слова в GenBank-файле. При создании файла пользуетесь редактором Far. Когда файл будет готов, и вы убедитесь, что его содержание соответствует заданию, скопируйте его в директорию credits.
Заполните форму, указав различные параметры выданного вам генома вируса и самого большого файла из него.
Срок выполнения заданий – утро дня следующего занятия. Это означает, что к моменту начала следующего занятия форма должна быть заполнена и отослана, а требуемые в заданиях файлы должны лежать в требуемых директориях.