2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
Практикум 5. Задание
0. Подготовка. Скачивание файла с геномом Вашего организма
В папке term1 создайте папку block2, а в ней папку pr5 для хранения промежуточных файлов этого практикума. Создайте папку credits для файлов на проверку.
В таблице найдите идентификатор белка, выданного Вам. С этим белком вы будете работать в следующих семестрах, поэтому почти всегда, когда будет говорится ваш белок – будет подразумеваться именно этот белок.
Найдите свой белок в базе данных NCBI. Для этого зайдите на сайт NCBI. В строку поиска введите идентификатор белка, а слева выберите тип данных, по которому проводить поиск - Protein.
Перейдите на страницу нуклеотидной записи, из которой получен белок. Для этого в записи о Вашем белке найдите квалификатор (поле) DBSOURCE ("database source", т.е. источник, откуда получена последовательность), перейдите по ссылке.
Включите отображение последовательностей в записи. Для этого В правом верхнем углу найдите поле опций (серый прямоугольник). Поставьте галочку на Show sequence (показать последовательность) и нажмите Update view.
Сохраните файл с нуклеотидной записью. Для этого щелкните мышью на ссылку Send, находящуюся в верхней части окна записи. Выберите опцию Complete record, пункт назначения - File, формат оставьте стоящий по умолчанию: GenBank. Нажмите на клавишу Create File, чтобы начать скачивание.
1. Получение информации о своем белке из нуклеотидной записи
- С помощью текстового поиска найдите описание и последовательность своего белка в скачанном файле.
Создайте файл с последовательностью Вашего белка в формате FASTA. Название файла должно быть следующим: XXX_pr5.fasta, где XXX - идентификатор выданного белка без версии записи (например, не AKF90774.1, а AKF90774). Пример названия: AKF90774_pr5.fasta.
Требование к этому файлу: идентификатором должен быть идентификатор белка (полный с версией записи), описанием последовательности - текст из поля product (предполагаемое название белка).
Заполните форму с информацией по Вашему белку
- На следующем занятии (после проверки ваших данных) вы будете создавать web-страничку о своем белке, поэтому постарайтесь вовремя предоставить данные через форму для проверки!
Срок выполнения заданий – утро дня следующего занятия. Это означает, что к этому моменту (13 октября): (1) файл с последовательностью выданного белка в формате fasta должен лежать в директории H:\term1\block2\credits и (2) форма со сведениями о выданном белке должна быть заполнена.